苏格兰北部居民的极度无知，以及缺乏受过良好教育的人来填补他王国该地区的文书职位。
阿伯丁的第一所大学，国王学院，正式名称为阿伯丁大学和国王学院 (Collegium Regium Aberdonense)，于 1494 年 2 月 10 日由阿伯丁主教、苏格兰大臣、格拉斯哥大学毕业生威廉·埃尔芬斯通 (William Elphinstone) 创立，他代表国王詹姆斯四世向教皇亚历山大六世起草了一份请求，并颁布了教皇诏书 发布。詹姆斯似乎热衷于确保苏格兰拥有与当时英格兰一样多的大学，并拥有巴黎和博洛尼亚这两个欧洲最受青睐的大学所享有的所有特权。这所大学以巴黎大学为蓝本，主要作为一所法学院，很快成为苏格兰最著名和最受欢迎的学府，这主要归功于埃尔芬斯通和他的朋友、1500 年任命的第一任校长赫克托·博伊斯 (Hector Boece) 的声望。它的目标是培训为苏格兰北部社区服务的医生、教师和神职人员，以及苏格兰王室的律师和行政人员。这是一个大学基金会，有 36 名全职教职员工和学生，还有围墙保护它与外界隔绝。 1497年，学院设立了英语世界第一个医学系主任。
第一本在爱丁堡和苏格兰印刷的书（当时苏格兰没有印刷机）是《阿伯丁祈祷书》，由埃尔芬斯通和博伊斯于 1509 年撰写。
1560 年苏格兰宗教改革之后，国王学院的罗马天主教教职员遭到清洗，但在其他方面却很大程度上抵制变革。第五代马歇尔伯爵乔治·基思是学院内的现代化推动者，支持彼得·拉穆斯和安德鲁·梅尔维尔的改革思想。 1593 年 4 月，他在“新城”创办了第二所大学——马歇尔学院。基思的商业竞争对手亚历山大·弗雷泽爵士在附近的弗雷泽堡建立弗雷泽堡大学也可能对其创建起到了重要作用。此时的阿伯丁在一个城市拥有两所大学是非常不寻常的：正如 20 世纪的大学招股说明书所观察到的那样，阿伯丁的大学数量与当时英格兰的数量相同（牛津大学和剑桥大学）。
最初，马歇尔学院让国王学院的校长在选拔其学者方面发挥作用，但遭到拒绝——这是不断发展的竞争中的第一击。马歇尔学院位于城市的商业中心（而不是古老但规模小得多的老阿伯丁大学飞地），在性质和面貌上有很大不同。比如，更加融入城市生活，比如允许学生住在学院之外。两所相互竞争的学院经常发生冲突，有时是在法庭上，有时也是学生在阿伯丁街头发生的斗殴。 1613 年，邓肯·利德尔 (Duncan Liddell) 为马歇尔学院设立了第一位数学教授，但直到 1626 年才任命了第一位教授。
随着各机构搁置分歧，尝试（但不成功）的合并过程在 17 世纪开始。在此期间，两所学院都为苏格兰启蒙运动做出了显着的智力贡献。这两所学院都支持雅各布派叛乱，在 1715 年起义失败后，学院的学者和官员在很大程度上遭到了当局的清洗。
=== 查尔斯国王大学 (1641–61) 和两所学院的合并 (1860) ===
两所学院最近完全合并的是卡罗琳大学阿伯丁分校，这是由查理一世于 1641 年发起的合并，两所学院联合了二十年。经历了三个王国战争的内战后，奥利弗·克伦威尔 (Oliver Cromwell) 在 1654 年空位期获得议会批准后，试图实现更完整的统一。这所联合大学一直延续到王政复辟，查理二世废除了这一时期制定的所有法律，两所学院恢复了独立地位。由于查理一世对创建卡罗琳大学的贡献以及他对国王学院的仁慈，他仍然被认为是该大学的创始人之一。
阿伯丁哲学学会（当地人称为“明智俱乐部”）由托马斯·里德、乔治·坎贝尔、大卫·斯基恩、约翰·格雷戈里、约翰·斯图尔特和罗伯特·特雷尔创建，并于 1758 年 1 月 12 日在老红狮旅馆举行了第一次会议。从成立之初，该学会就是一个亲密的私人团体，其成员全部来自学术界，这一特点使其与更加开放和更具社会包容性的哲学学会区分开来。 格拉斯哥文学协会或爱丁堡精选协会等社团。会议上提出并讨论了超过 133 篇论文，其中许多论文构成了随后出版的书籍的基础。该协会最终于 1773 年 3 月解散。该协会及其个人成员在苏格兰启蒙运动中发挥了关键作用，是在阿伯丁推广开明思想和价值观的最重要论坛。哲学学会于 1840 年恢复，其目的是接收和辩论其成员的原创科学、文学和哲学论文；然而，主要考虑到战争带来的困难，1939 年 9 月 13 日决定中止会议，尽管会议似乎从未正式结束。
苏格兰自由教会于 1843 年在阿伯丁建立了基督学院，用于培训牧师。 1850 年，学院在联合街西端建造了一座奢华的哥特式建筑，带有雄伟的凸肚窗和塔楼。与学院相连的是博物馆和图书馆（藏书 17,000 册）。 1929 年教会重聚后，基督学院成为苏格兰教会学院，并并入阿伯丁大学。学院建筑不再被教堂或大学使用，学院完全包含在国王学院的建筑内，保留着自己的神学图书馆。 1859年，该大学主办了英国科学协会的第一次会议。由于没有合适的会议场所举办会议，镇上自行筹集资金修建了音乐厅。该会议能够容纳约 …
