(James Beaton) 于 1538 年重建，更名为圣玛丽学院，用于研究神学和法律。它的目的是鼓励传统的天主教教义，反对新兴的苏格兰宗教改革，但苏格兰在 1560 年正式与教皇权分裂后，它就成为新教神职人员的教学机构。圣玛丽学院成立于 1538 年，其初衷是成为一所教授神学、法律、医学以及艺术的学院，但其如此大规模的职业生涯是短暂的。 1579 年，议会批准了新的奠基和建筑，并专门用于神学研究，从那时起，它就一直是神学院。
一些这一时期的大学建筑至今仍在使用，例如圣萨尔瓦托教堂、圣伦纳德学院教堂和圣玛丽学院方院。此时，大部分教学具有宗教性质，由与圣安德鲁斯大教堂有关的神职人员进行。
===发展===
17世纪和18世纪期间，这所大学时运不济，经常受到民间和宗教骚乱的困扰。在1747年特别严重的经济萧条中，严重的财务问题引发了圣伦纳德学院的解散，其财产和教职人员被并入圣萨尔瓦托学院，组建了圣萨尔瓦托和圣伦纳德联合学院。在此期间，学生人数非常少；例如，当塞缪尔·约翰逊 (Samuel Johnson) 1773 年访问该大学时，该大学的学生人数不足 100 名，而且在他看来，该校的学生数量正在稳步下降。他形容这是“在腐朽中憔悴，为生活而奋斗”。这一时期苏格兰的贫困也损害了圣安德鲁斯，因为很少有人能够光顾这所大学及其学院，而且由于国家支持不太可能，他们获得的收入也很少。
===现代时期===
==== 女性 ====
十九世纪下半叶，大学面临向女性开放高等教育的压力。 1876年，大学参议院决定允许女性在圣安德鲁斯接受教育，其教育水平大致相当于男性当时能够获得的文学硕士学位。该计划后来被称为“LLA 考试”（Lady Literate in Arts）。它要求女性通过五门普通级别的科目和一门荣誉级别的科目，并有权获得大学文凭。这些女性不需要亲自上大学，而是通过函授学习，需要多少年才能完成课程。他们在英国或国外居住的城镇或城市的教育家都对他们的学习进行了检查和帮助。
1889 年，《大学（苏格兰）法案》使得圣安德鲁斯正式录取女性并接受与男性学生同等的教育成为可能。 1892 年 9 月，据报道，该大学“最近率先向女性开放课程”，并宣称“圣安德鲁斯拥有一所女子学校——圣伦纳德学校——在英国首屈一指，在英格兰可能也屈指可数”。到了 1892 年，圣伦纳德女子学校的校长弗朗西斯·多夫夫人 (Dame Frances Dove) 成为了大学旧圣伦纳德学院建筑的“拥有者”，这些建筑再次被用于为学生提供住宿的最初目的，只不过这次不是为男生提供住宿，而是为“女毕业生和本科生”提供住宿。
入学后，艾格尼丝·福布斯·布莱克艾德 (Agnes Forbes Blackadder) 于 1892 年进入大学，并于 1895 年 3 月 29 日获得硕士学位，成为第一位与男性同等水平的圣安德鲁斯大学毕业生。该大学的第一位女讲师是爱丽丝·马里恩·乌弗斯顿 (Alice Marion Umpherston)，她于 1896 年被任命为女学生教授生理学。为了应对越来越多的女学生就读大学的情况，第一所女子宿舍由毗邻大学的圣伦纳德学校 (St Leonards School) 的第一任校长路易莎·拉姆斯登 (Dame Louisa Lumsden) 女士于 1896 年建立。该住宅被命名为大学礼堂。
====邓迪====
直到20世纪初，圣安德鲁斯大学提供基于古典语言、神学和哲学研究的传统教育，并且缓慢地接受在其他大学越来越受欢迎的科学和医学等更实用的领域。为了满足现代化的需要，并为了增加学生人数和缓解财务问题，该大学于 1883 年在邓迪建立了大学学院，并于 1897 年正式与圣安德鲁斯合并。从成立之初，邓迪学院就专注于科学和专业科目；圣安德鲁斯学院的男女混合学生学习古典文学和英语。工会充满了困难； 1894年，《教育时报》在《圣安德鲁斯与邓迪之间的争吵》一文中报道称，邓迪大学学院“被禁止”提供“他（邓迪学生）可能要求的”艺术指导。邓迪大学学院合并后，圣安德鲁斯的各种问题普遍消退。例如，它能够提供医学学位。直到 1967 年，许多从圣安德鲁斯大学获得学位的学生实际上是在邓迪度过了大部分、有时甚至是全部本科生涯。
1967年，与邓迪女王学院（原邓迪大学学院）的联盟结束，成为一所独立机构，更名为邓迪大学。因此，圣安德鲁斯失去了在医学、牙科、法律、会计和工程学等许多领域提供学位的能力。除了失去授予本科医学学位MBChB的权利外，还被剥夺授予研究生学位MD的权利。圣安德鲁斯最终能够通过与英国曼彻斯特大学的新安排继续提供学习医学的机会。
1974年，圣伦纳德学院重组为研究生院。
=== 与美国的联系 ===
圣安德鲁斯与美国的历史联系早于该国独立。 《独立宣言》的签署人詹姆斯·威尔逊曾就读于圣安德鲁斯大学（但并未毕业）。威尔逊是乔治·华盛顿任命的美国最高法院六位最初法官之一，也是宾夕法尼亚大学法学院的创始人之一。其他与圣安德鲁斯相关的美国名人包括苏格兰裔美国实业家安德鲁·卡内基（Andrew …
