1988 年，圣地亚哥州立大学北县的招生人数已达到 1,250 名学生，科罗拉多州立大学董事会以 1,060 万美元购买了 CSUSM 未来的场地，即位于圣马科斯占地 304 英亩的 Prohoroff 家禽农场。该山坡地点位于太平洋正东约 8 英里（13 公里）处，距圣地亚哥市中心正北 35 英里（56 公里）处。科罗拉多州立大学受托人还要求为第一阶段的建设提供 5180 万美元的国家资金。
1989 年，州长 George Deukmejian 将参议院第 365 号法案（也是由 Craven 发起）签署成为法律，正式创建加州州立大学圣马科斯分校。 1989 年 6 月，比尔·W·史黛西 (Bill W. Stacy) 被任命为该大学的首任校长，并于次年招募了首批 12 名教员。这十几位“创始教师”在大学成立之初发挥了重要作用，今天在 CSUSM 校园的创始人广场接受表彰。史黛西和教职员工获得了 390 万美元来开办大学。
1990年2月23日，新校区破土动工，原养鸡场动工兴建。 1990年秋天，新大学招收了第一批学生：448名大三和大四学生。 （最初，只有高年级学生被 CSUSM 录取。）虽然永久校园的建设仍在继续，但课程仍继续在位于洛斯瓦莱西托斯大道的前 SDSU 卫星地点举行。 Stone Drive 上的一个工业设施也被用来为生物学项目提供实验室空间，并一直使用到 1993 年 1 月。 1991 年，该大学授予了第一个学位，七名学生获得了文学学士学位。 CSUSM 的第一次正式毕业典礼于 1992 年 5 月举行。
1992 年秋天，位于双橡树谷路的 CSUSM 永久校区开业。第一批建筑是克雷文厅（Craven Hall）（1992 年 12 月开放）、学术厅、科学厅 I 和大学公共空间。该大学已发展到 1,700 名学生和 305 名教职员工。
该大学继续快速发展，到 1993 年，CSUSM 的入学人数已增至近 2,500 人，并获得了西部学校和学院协会的认证。 1995年，学校招收首届新生，并首次开设低年级（及普通教育）课程，招生人数增至3,600人。同年，教育学院获得国家教师教育认证委员会的全面认证。
1996 年，CSUSM 收到了两笔重大捐赠：Jean 和 W. Keith Kellogg II 捐赠的 100 万美元，这是为凯洛格图书馆提供的一系列捐赠中的第一笔；以及 Lucille …
