年，泰特和丹尼尔斯欣然将他们的职责转移给艾耶尔，艾耶尔为领导教育事业做好了更充分的准备。
亚特兰大大学由詹姆斯·泰特 (James Tate) 和格兰迪森·丹尼尔斯 (Grandison Daniels) 于 1865 年 9 月 19 日成立。两年后，美国传教士协会的埃德蒙·阿萨·韦尔（Edmund Asa Ware）被任命为首任会长。 亚特兰大大学于 1867 年在自由民局的奥利弗·奥蒂斯·霍华德 (Oliver Otis Howard) 的协助下成立。 1867 年 1 月 12 日，他还任命威廉·J·怀特 (William J. White) 为自由民局的教育代理人。怀特是创始人詹姆斯·泰特 (James Tate) 同父异母的兄弟，也是 1867 年奥古斯塔学院 (后来成为莫尔豪斯学院) 的联合创始人。 1869年，他担任亚特兰大大学董事。
AU 于 1867 年 10 月 17 日获得特许。它于 1869 年首次提供高等教育课程。它的第一个毕业班于 1873 年（为未来教师（包括女性）开设的师范学校），并于 1876 年 6 月颁发了前六个学士学位。
亚特兰大大学是第一批接受女学生的 HBCU 之一，也是第一所为女性提供宿舍的大学：其北楼建于 1869 年。 1876 年至 1895 年间，一名女性在亚特兰大大学获得了学士学位，但在接下来的五年里，有七名女性在那里获得了学士学位。 亚特兰大大学在专门提供研究生学位之前已授予学士学位 53 年（1876 年至 1929 年）。
1912年的目录显示，亚特兰大大学有四个院系：学院和师范学院，每个院系都有一个预科院系。当年入学人数为403人：大学生40人，师范生62人，大学预科项目高中生115人，师范项目高中生183人。当时，亚特兰大大学一半的校友从事教学工作。亚特兰大有一群小型黑人学院——亚特兰大学院、莫尔豪斯学院、斯佩尔曼学院、克拉克学院、莫里斯布朗学院和加蒙学院——每一所学院都捍卫自己的独立性，但都依赖北方的慈善事业。第一次世界大战结束时，北方慈善家要求进行合并以提高教育质量。 1929年，亚特兰大大学附属机构成立，亚特兰大大学获得了研究生院的新角色，莫尔豪斯学院和斯佩尔曼学院成为本科生学院。第二次世界大战之前，该联盟开始包括亚特兰大的其他黑人大学。 1988年7月1日，亚特兰大大学与克拉克学院合并，成为克拉克亚特兰大大学。
亚特兰大大学校园迁至现址，亚特兰大大学中心的现代组织架构出现，随后克拉克学院、莫里斯布朗学院和跨宗派神学中心也加入其中。图书馆学研究生院、教育学研究生院、工商管理研究生院分别成立于1941年、1944年和1946年。亚特兰大社会工作学院长期与该大学有联系，于 …
