1909年，学院再次更名为佛罗里达黑人农业机械学院，并于1953年最终更名为佛罗里达农业机械大学。佛罗里达农工大学是佛罗里达州唯一幸存的公立历史悠久的黑人学院或大学。 （1949 年至 1966 年间的不同时期存在 12 所公立专科学校，主要服务于佛罗里达州的非裔美国人。）
1923年，学生罢课，导致多座校园建筑被毁。这次罢工是对州长卡里·A·哈迪(Cary A. Hardee)试图取消该大学的文科课程并将其转变为纯粹的职业学校的回应。哈迪认为，受教育程度较高的黑人民众更有可能离开该州，这将对佛罗里达州的经济产生负面影响，因此认为有必要阻止非裔美国人佛罗里达人接受非职业教育。这场冲突导致大学校长内森·B·杨（Nathan B. Young）辞职，进而引发学生抗议，烧毁了多座校园建筑。最终，哈迪任期结束后，文科项目得以恢复，J. R. E. Lee 被任命为大学第四任校长。
1951年，该大学开设了药学和护理课程。为了给这些学生提供实践经验，大学建造了一家医院。 1971 年之前，佛罗里达 A&M 医院是塔拉哈西 150 英里（240 公里）范围内唯一一家为非裔美国人提供服务的医院。 1971 年，当时的塔拉哈西纪念医院在联邦压力下开始为非裔美国人提供服务后，该医院关闭了。
1992年、1995年和1997年，佛罗里达农工大学成功招募的国家成就学者数量超过了哈佛大学。 2000 年，FAMU 与哈佛大学并列，招募了 62 名新的国家成就学者，尽管到 2006 年这一数字已降至 1 名。国家成就奖学金公司于 2015 年停止命名学者。
1997 年秋天，佛罗里达农工大学被《时代》杂志-普林斯顿评论评选为“年度最佳大学”，并于 1999 年被《高等教育中的黑人问题》评为向非裔美国人授予的学士学位比美国任何机构都多。
2011年，乐队成员罗伯特·钱皮恩(Robert Champion)在一次欺凌事件中被殴打致死。两名教员因一项欺凌调查而辞职，十三人被指控犯有重罪或轻罪欺凌罪；一名学生（乐队成员）被判犯有过失杀人和欺凌罪，并被判处六年监禁。该丑闻导致佛罗里达农工大学校长辞职，并在该大学的地区认证机构南方学院与学校协会中发挥了作用，使佛罗里达农工大学缓刑一年。
2019 年，佛罗里达 A&M 和其他 HBCU 与 Adtalem Global Education 及其位于巴巴多斯的营利性罗斯大学医学院建立了合作伙伴关系。
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