研究 ===
卡内基教学促进基金会将佛罗里达大西洋大学分类为一所拥有较高研究活动性的研究型大学。学校与包括斯克里普斯研究所、托里松分子研究所和马克斯·普朗克学会在内的各大科研机构建立了显著的合作伙伴关系。该大学也是两个英才中心的所在地：生物与海洋生物英才中心和海洋能量技术中心。这两个中心已经获得佛罗里达州新兴科技委员会的肯定，并获得其资助来继续并加强运作。为此佛罗里达大西洋击败了州内几所最优秀的学府，包括佛罗里达大学和佛罗里达州立大学。
从州政府拨款中获得启动资金后，佛罗里达大西洋大学也试图从包括联邦和个人研究补助在内的其他来源获得更多的赞助资金。由此，两个英才中心都结合海洋工程、海洋生物技术、功能基因组学、蛋白质组学和生物信息学等各个方面的专业知识在学术和工业上紧密合作。中心的研究人员、科学家和学生致力设计海洋探索技术，收获可再生能源，发掘新的药物，开发新的治疗方法来打击生物恐怖主义。2007年，大学与洛克希德·马丁发布了一个专属授权协议来开发和生产快速部署和自主性质的系泊浮标系统，用于军事和科研用途。
2010年，美国能源部将佛罗里达大西洋大学指定为三个国家海洋能源研究与开发中心之一，名为东南国家海洋可再生能源中心，另外两个分别是太平洋西北地区（华盛顿大学和俄勒冈州立大学）和夏威夷（夏威夷大学）的中心。东南国家海洋可再生能源中心进行研究和开发的是能够从洋流和海洋热能产生可再生能源的技术。
大学的工程与计算机科学学院内有一个成像技术中心和一个国家航空航天管理局成像技术太空中心，两个中心专门致力于研究和发展数字成像技术在医疗技术、监视、通信、教育、检测、科学观测、制造业，视觉识别和鉴定，电影和数字视频等多个领域的政府和商业应用。佛罗里达大西洋成像技术中心正在开发一个数字成像和处理方面的课程，大学将由此成为全国唯一一所提供这一集中技术课程的学府。国家航空航天管理局成像技术中心是全国12个国家航空航天管理局研究合作中心之一，其开发工作有着国家航空航天管理局和美国其它相关行业的参与。该中心拥有两组实验室和行政办公室，一个位于博卡拉顿的主校园内，另一个位于劳德代尔堡校园内。
佛罗里达大西洋还运营着两处研究和开发园区，一个位于博卡拉顿，另一个在迪尔菲尔德海滩。这些园区对外界公司提供研究设施，让这些公司可以与大学社区进行互动，并使用其设施、资源和专业知识。博卡拉顿校园研究和开发园区内拥有一个科技企业孵化器，致力于促进与大学相关技术型企业的起步和成长。
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