年代和 1890 年代的学校生活条件很恶劣。在卡莱尔印第安学校的半军事制度下组织起来，学生们穿着制服以强制服从并结束部落认同。他们进入学校时头发被剪掉，这对男孩来说尤其痛苦，因为在大多数部落中，成年男子都留着长发。孩子们列队去上课并定期锻炼身体。如果学生不遵守学院的规定，他们经常会受到体罚。至少有 103 名儿童在上学期间死亡。
1887年，学校更名为“哈斯克尔学院”，以纪念在劳伦斯建立学校的堪萨斯州第二选区美国代表达德利·哈斯克尔 (Dudley Haskell)。
1889 年，Charles T. Meserve 被任命为哈斯克尔五年历史上的第五位院长。他解雇了许多员工（包括校长），招致了全国教育协会主席的批评。学生们向华盛顿特区的 BIA 发送了四份抗议请愿书，以回应他的严厉对待。一名受命调查这一事件的印度特工粉饰了整个事件。
20 世纪初，Haskell 在联邦政府的运营下不断发展。它增加了高年级课程，并于 1927 年获得堪萨斯州高中的认证。 1935年被列为职业技术学校。
从 1900 年代到 1930 年代，哈斯克尔因其足球队而闻名。在与哈佛大学、耶鲁大学、布朗大学等院校团队的竞争中，哈斯克尔被称为“西方强国”。从 1902 年到 1919 年，哈斯克尔在与德克萨斯大学的 11 场比赛中赢了 5 场。
20 世纪 60 年代，美洲原住民组织起来维护自己的文化，并努力重新调整联邦承认的部落与联邦政府之间的关系。他们想要改变的领域之一是孩子的教育。他们希望从学校得到更多。他们受到非裔美国人民权运动的鼓励，要求履行条约条件。在哈斯克尔，学生和活动人士希望重新配置学校的教学方法，以更好地为印第安乡村和阿拉斯加原住民社区服务。 1965 年，哈斯克尔高中毕业。
两年后，随着课程的不断发展，学校于1967年更名为“哈斯克尔印度初级学院”，能够授予特殊技能项目的副学士学位和证书。华莱士·加鲁齐（Wallace Galluzzi，1926-1984 年）于 1969 年至 1981 年间担任堪萨斯州劳伦斯市哈斯克尔印第安初级学院（后来的哈斯克尔印度民族大学，前哈斯克尔研究所）的校长。到 20 世纪 80 年代末，该机构开始规划发展为一所四年制、授予学士学位的大学。
1993 年，负责印第安人事务的助理部长艾达·迪尔 (Ada Deer) 批准了这项以课程和项目扩展为基础的发展。它更名为哈斯克尔印第安民族大学。哈斯克尔提供了第一个四年制基础教师教育学士学位课程。几年之内，哈斯克尔就开发出了自己的美洲印第安人研究专业学士学位课程；工商管理和环境科学学位课程很快随之而来。
1994年，国会指定这所学院和其他31所部落学院为赠地学院，为它们提供相关项目的福利。
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