1940 年，在与新任大主教约翰·T·麦克纳利 (John T McNally) 发生冲突后，他们含泪送行。
1941 年秋天，爱奥纳学院开始了学年，有 121 名新生和二年级学生，但美国加入第二次世界大战导致爱奥纳学院的入学人数在年底出现下降。 1944 年 8 月，只有三名新生获得了学士学位。第二次世界大战结束后，退伍军人在《退伍军人权利法案》的帮助下，以及爱奥那实用专业的吸引下，很快就使学院的容量达到了极限。 1948年，71名男子毕业；到了1950年，这个数字达到了300个。
1966 年 6 月，爱奥那学院向第一批研究生颁发了文凭，其中包括两名获得教牧咨询硕士学位的牧师。到 1968 年，学院授予了第一个 MBA 学位。三年后，这所传统上是男性的学院迎来了第一批包含女性的新生，正式使学院成为完全男女同校的学院。该学期注册了大约 200 名女生，占新生班的四分之一。在此之前，女学生一直是校园研究生课程、暑期课程以及与邻近的传统女性院校的交叉注册协议的一部分。
1989年，纽约扬克斯伊丽莎白西顿学院（Elizabeth Seton College of Yonkers），一所两年制专科学院，与爱奥纳学院（Iona College）合并，成为学院内的伊丽莎白西顿副学士学位学院。该项目一直存在到 1995 年，当时爱奥纳学院重新评估并重申其成为四年制大学的使命，西顿副学士学位研究学院被关闭。
2011年，爱奥纳学院承认，它夸大了2002年至2011年“录取率、SAT分数、毕业率和每年捐赠的校友”的数据，以影响大学排名。随后，成立了内部审计办公室以确保数据的完整性。
2021 年 1 月 28 日，康科迪亚学院 (Concordia College) 和爱奥纳学院 (Iona) 的校长宣布，康科迪亚学院 (Concordia College) 校区将被爱奥纳学院 (Iona College) 收购，成为布朗克斯维尔新校区的一部分。爱奥纳和康考迪亚达成了一项教学协议，允许大多数康考迪亚学生在爱奥纳完成学位。
2022 年 7 月 12 日，爱奥纳大学现任校长 Seamus Carey 通过 YouTube 直播宣布学校将更名为爱奥纳大学。
=== 总统 ===
威廉·B·科妮莉亚 (1940–1946)
阿瑟·A·洛夫特斯 (1946–1953)
威廉·H·巴恩斯 (1953–1959)
理查德·鲍尔 (1959–1965)
约瑟夫·G·麦肯纳 …
