20 世纪 60 年代，随着入学人数的增加、宿舍的兴建、两所新学院的建立以及 Swisher 体育馆的建成，大学得到了大幅发展。第一批学生宿舍（Williams、McGehee、Brest、Merrill 和 Grether Halls）于 1965 年秋季学期在校园南部投入使用，总耗资 240 万美元。第六栋宿舍楼Botts Hall于1968年启用。1970年，杰克逊维尔大学海豚队男子篮球队在明星中锋阿蒂斯·吉尔摩的带领下，获得了NCAA第一级冠军。然而，1972 年公立北佛罗里达大学的成立削弱了 JU 的招生规模，而公共资金的取消也给学校带来了经济损失。 20 世纪 90 年代，杰克逊维尔大学将自身重新定位为一所文理学院，并开展了大规模的筹款活动，用于建造新建筑和修改校园总体规划。 1997年，新的自助餐厅建成，视觉艺术附楼开业，校园内的乡村公寓竣工并向校园北部的学生开放。 Merrill 和 Grether Hall 于 2007 年被拆除，为 Oak Hall、一栋拥有 500 个床位的现代化宿舍和一个新停车场让路。
乔治·哈勒姆 (George Hallam) 与杰克逊维尔大学及其图书馆工作人员合作，出版了一本名为《我们在阳光下的地位》的详尽大学历史，详细介绍了该机构从 1934 年成立到 1988 年春季的发展和进步。记录杰克逊维尔大学数十年历史的其他大学出版物包括《JU Navigator》、《Riparian》和《The Wave》杂志。
2025 年 4 月，杰克逊维尔大学宣布了全面的重组计划，取消了 40 个教职职位，并将本科项目从 60 个减少到 37 个。教职员工对校长蒂姆·科斯特 (Tim Cost) 进行了不信任投票，批评终身教授的突然终止、缺乏财务透明度以及违反共同治理原则。在科斯特领导期间，政府还因违反债务契约而面临审查。
削减让学生们措手不及，一些人得知他们的专业将被终止。学生和教师对政府声称全校范围内只有约 100 名学生受到影响的说法提出异议，引发了抗议活动，仅一个院系就报告有超过 100 名学生受到影响。虽然该大学为流离失所的学生提供了 18 项全额奖学金，但董事会却支持 Cost，并表示对他的领导能力充满信心。
==学术界==
杰克逊维尔大学提供 100 多个本科专业、辅修专业和课程，以及 23 个硕士和博士学位课程，可授予 M.S.、M.A.、M.A.T. 和工商管理硕士、职业治疗博士 …
