1490 年左右在学院校园内建立，并于 19 世纪迁至卡特街并成为赫特福德学院。
韦恩弗利还建立了一所学校，即现在的马格达伦学院学校，这是一所位于查韦尔河对岸附近的私立学校。韦恩弗利得到了约翰·法斯托夫爵士的一大笔遗赠，他希望资助一所宗教学院。
莫德林学院接管了查韦尔旁边的圣约翰浸信会医院，最初使用医院的建筑，直到 1470 年至 1480 年新建筑竣工。1458 年成立时，学院由一名院长和六名学者组成。 1487 年，当《创始人章程》制定时，基金会由一名主席、40 名研究员、30 名牧师、四名牧师、八名职员、16 名唱诗班成员组成，并被任命为文法学校成员、一名院长和一名引座员。
创始人的章程包括建立由男子和男孩组成的合唱基金会的条款（这一传统一直延续到今天），并提到了学院名称的英语发音。该学院的名字发音像形容词maudlin，因为中世纪晚期抹大拉的玛丽亚的英文名字是Maudelen，源自古法语Madelaine。
===英国内战===
牛津大学和莫德林学院是英国内战期间保皇党事业的支持者。 1642 年，莫德林学院捐赠了超过 296 磅的盘子（即银或金器皿或盘子）来资助战争，这是牛津大学中按重量计算的最大捐赠。
莫德林学院位于查韦尔河畔，俯瞰着莫德林桥和来自伦敦的道路，对国王的军队具有战术意义。 1643 年至 1645 年间，莫德林树林被保皇党军械占领，鲁珀特王子据信曾驻扎在该学院。
这座城市建造了防御工事，准备围攻马格达伦的场地，其中包括多佛的斯皮尔（或码头），这是一个可以观察城市北部和东部的堡垒。它所在的土方工程位于查韦尔河分叉处的水草甸，至今仍然清晰可见。进一步修建了防御工事和土方工程，以保护北部的霍利韦尔福特遗址。
在第一次围攻牛津期间，查理一世从莫德林塔观察了这场战斗。
第一次英国内战结束后，牛津向托马斯·费尔法克斯投降后，议会出于政治和宗教原因下令访问牛津以清除研究员。 1647 年，访客们罢免了莫德林学院当时的校长约翰·奥利弗 (John Oliver)，并任命了他们中的一员约翰·威尔金森 (John Wilkinson) 取而代之。约翰·威尔金森是莫德林学院的前校长，此前曾竞选该学院的校长职位，但未成功。当他们拒绝服从议会的权威时，大约28名研究员、21名学者（学者）以及除一名仆人外的所有仆人也被驱逐。随着保皇党最终被赶走，该学院于 1649 年接待了费尔法克斯和奥利弗·克伦威尔。
1660 …
