年君主政体复辟后，约翰·奥利弗 (John Oliver) 再次被任命为学院成员，随后任命了 17 名研究员和 8 名副研究员。
=== 开除研究员 ===
1680 年代，国王詹姆斯二世采取了多项举措，将天主教重新引入当时的英国圣公会大学。 1687年，他试图任命安东尼·法默为莫德林总统。院士们拒绝了这一点，不仅因为法默据说是天主教徒，名誉受损，还因为他不是学院的院士，因此根据法规不符合资格。研究员们选出了他们自己的一位成员，约翰·霍夫。詹姆斯最终提出了一位折衷的候选人，即温和的牛津主教塞缪尔·帕克，但他也被同事们拒绝，因为他们认为这个职位已被填补。
帕克被强制接纳，那些反抗国王的家伙和敌人被驱逐，取而代之的是国王选择的天主教徒或温和的英国圣公会教徒。帕克于 1688 年去世，继任者是天主教徒博纳文图尔·吉法德 (Bonaventure Giffard)，在他的任期内教堂皈依了天主教。
这些研究员的驱逐标志着大学与王室关系的转折点：布罗克利斯写道，“复辟时期建立的保皇派和英国圣公会大学必须做出选择，它选择了英国国教。”詹姆斯对学院的干涉激起了英国圣公会教徒的不满，他们以此作为他的统治独裁的证据。 1688 年 10 月 25 日，在光荣革命和奥兰治的威廉推翻詹姆斯二世之前不久，詹姆斯的任命被撤销，霍夫和被开除的研究员又回到了学院。每年都会为莫德林研究员、海军和学术职员举办一场特别宴会，即恢复晚宴来纪念这一活动。
=== 20 世纪至 21 世纪 ===
莫德林学院自20世纪中叶以来的突出地位在很大程度上要归功于C.S.刘易斯和A.J.P.泰勒等著名学者，而其学术上的成功则要归功于托马斯·杜瓦·韦尔登等教授的工作。第二次世界大战期间，英国皇家空军维护司令部总部设在马格达伦。
莫德林学院拥有并管理位于牛津南部的牛津科学园，该科技园拥有 100 多家公司。牛津科学园于 1991 年开业，玛格达伦 (Magdalen) 是其部分所有者。该学院于 2016 年获得了全部所有权，并于 2021 年以 1.6 亿英镑的价格出售了 40% 的股份。据报道，此次出售将使莫德林捐赠基金的规模增加一倍以上，并使其“可能成为牛津 39 所学院中最富有的学院”。
与牛津大学的许多学院一样，莫德林学院在 1979 年招收了第一批男女混合学生，此前，该学院已成为一所只招收男性的学院超过 500 年。 2015年至2017年间，被莫德林大学录取的英国本科生中有47.2%来自公立学校； …
