Military Hospital）用来治疗南方伤兵和北方战俘，而学校后方则被用作阵亡军人之墓地，这段历史导致各种与南北战争相关的灵异故事在马里恩军事学院广为流传，校园也成为了阿拉巴马州知名的闹鬼之地。
1871年，前邦联军官、阿拉巴马大学教务长J·T·墨菲出任第6任校长。他对霍华德学院进行了改革，将课堂改成小班授课以注重学生个人能力的培养，他还对学校进行军事化改造，令学生在校园统一着灰色校服，并提高学生的纪律性。进入1880年代，随着学校的财政状况逐渐获得改善，校董事会便萌生了将校园搬迁到城市里的想法，当时马里恩白人与黑人之间日趋严重的种族矛盾也成了这一想法的催化剂。与此同时，随着学校规模的扩大，墨菲与美南浸信会在军事化管理和学生必须住校的理念上也产生了分歧。1887年，霍华德学院正式将校址前往搬到伯明翰，但时任校长J·T·墨菲选择留在马里恩，他坚持自己的军事化办学理念，依据母校弗吉尼亚军校的模式在霍华德学院原校址创立了马里恩军事学院，并成为了首任校长。由于马里恩军事学院在成立伊始被定义为私立军事初级学院和预科，军校还成立了自己的董事会对校务进行决策。当初由美南浸信会建立的女子学校也留在了马里恩，成为了今天的贾德森学院，而迁往伯明翰的霍华德学院后来更名为桑福德大学。
1906年，J·T·墨菲退休，其长子H·O·墨菲接任校长。H·O·墨菲非常注意结交社会名流，一生与很多名人都有书信往来。早在1905年时他就力邀时任普林斯顿大学校长的伍德罗·威尔逊作为特邀嘉宾在军校的毕业典礼发表演讲。1909年，他又写信邀请塔夫脱总统担任学校董事会主席并获得对方首肯。这一系列举措大大增强了马里恩军事学院在全美的影响力。H·O·墨菲野心勃勃，想以伊顿公学为榜样把马里恩打造成一所贵族寄宿学校，因此一度更名为马里恩学院（Marion Institute）。然而，随着第一次世界大战的爆发，马里恩将重心再次放在军事训练上面。1916年，马里恩军事学院成为了第一批引进陆军预备军官训练团的学校之一。同年，政府将该校评为“卓越荣誉军事学校（Honor Military School with Distinction）”。大约在同一时期，马里恩开设了西点军校等联邦军校的预备课程。在两次世界大战间隙，爱德华·阿尔蒙德曾在该校担任上尉教员，教授军事科学（1919年-1928年）。珍珠港事件后，许多马里恩军事学院校友，如尤金·史赖吉、威廉·W·奥特布里奇、布鲁斯·K·哈罗威等，随着美国宣战而相继参加了第二次世界大战。
1968年，为了应对越南战场陆军军官不足的困境，美国陆军提前授衔计划正式进入马里恩军事学院，并从此成为该校主要招生来源之一。1971年，马里恩军事学院开始招收女性学员。2006年3月，阿拉巴马州议会通过决议，正式将马里恩军事学院从私立转型为州立军事学院。作为转变过程之一，马里恩军事学院至此不再招收高中预科生。2009年5月，随着最后一届高中学员毕业，军校高中预备部成为了历史，原有预备课程转移至正常大学的课程当中。
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