21世纪 ===
2002年，密西西比学院顺利完成1996年启动的「新曙光」（New Dawn）资本募款计划，总金额达1亿美元，为校史上最大规模的募资行动。透过上述在基础建设、财务资源与科技层面的进展，密西西比学院得以延续其卓越学术传统与基督信仰使命，持续提供全面性的优质大学教育体验。
2001年6月，陶德博士（Dr. Howell Todd）在担任校长七年后退休。随后，董事会任命商务事务副校长兼管理学教授劳埃德・罗伯兹博士（Dr. Lloyd Roberts）自2001年7月起至2002年6月30日止担任代理校长。2002年7月1日，李・G・罗伊斯博士（Dr. Lee G. Royce）就任为密西西比学院第十九任校长。
在罗伊斯博士领导下，密西西比学院的注册人数稳定增长，校园设施重获新生，并创下捐款总额的历史新高。学生人数一度达到近5,300人，其中居住于校内宿舍的人数亦创下新高。2015年，经过近二十年来首次兴建的新宿舍群──「大学园区」（University Place）正式启用。位于杰克森市的法学院也进行了多项建设与扩建工程。
自2002年至2015年，密西西比学院的在校学生人数由3,227人增至5,152人，其中包括创纪录的618名新生。国际学生人数亦大幅上升，自原仅9人增至2015年秋季的创纪录505人，来自二十多个国家。
2011年，学校新增医师助理学程（Physician Assistant Program），成为密西西比州首间开设此类学位课程的高等教育机构。密西西比学院目前亦提供教育领导（Educational Leadership）与专业咨商（Professional Counseling）等领域的博士学位课程。
2015年，密西西比学院获得《第九章民权法案》（Title IX）的豁免资格，使其可基于宗教理由对LGBT学生进行合法的差别待遇。
作为迎接建校200周年（2026年）重整计划的一部分，学校将自该学年起更名为「密西西比基督大学」（Mississippi Christian University）。
=== 历任校长名录 ===
密西西比学院历任校长／校务主任共计23位，其中包括3位代理校长。最初三位领导者的职称为「校务主任」（Principal），其后正式改为「校长」（President）：
F. G. 霍普金斯（F. G. Hopkins）：1826年至1828年
丹尼尔・康福特（Daniel …
