Quincy Adams) 称为“美国当代最有学问的人”，他于 1812 年加入圣玛丽山学校，担任教师和副校长。圣玛丽山学校的师资规模较小，努力为非专业学生和潜在的牧师提供完整的高中和大学课程，并将圣玛丽山学校发展成为“美国最重要的教会机构之一”。杜波依斯厅 (DuBois Hall) 以杜波依斯的名字命名，于 1826 年在山上一片沼泽灌木丛中落成。第一份大学特许状于 1830 年获得。直到 1900 年代初，圣玛丽山学校还是一所寄宿学校。寄宿学校的一些遗迹，例如布拉德利大厅（校园最古老的建筑之一）仍然存在。该山一直被称为圣玛丽山学院和神学院，直到 2004 年 6 月 7 日更名为圣玛丽山大学。
=== 圣约瑟夫学院的历史以及与圣玛丽山学院的合并 ===
慈善修女会创始人伊丽莎白·安·西顿 (Elizabeth Ann Seton) 于 1809 年来到埃米茨堡，她是第一位被册封为圣人的美国本土公民。她住在圣玛丽山校区，当时她自己的学校正在建设中。有一段时间，她住在为杜波依斯建造的同一个小木屋里。 1809 年 6 月，西顿建立了圣约瑟夫女子学院和免费学校，这是美国第一所免费的天主教教会学校。这所学校被认为是美国整个天主教教会学校系统的基础。西顿编写了课堂教科书，并培训她的天主教姐妹成为教师，并接受所有学生，无论其支付能力如何。圣约瑟夫学院和自由学校发展成为圣约瑟夫学院高中（1890-1946）、圣约瑟夫高中（1946-1982）和圣约瑟夫学院（1902-1973），这是一所四年制女子文理学院。
圣约瑟夫和圣玛丽山有着悠久的共同历史。 1815 年，西顿派了几位慈善修女会管理圣玛丽山医院。 1800 年代，随着圣约瑟夫学院入学人数的增加，圣玛丽山学院的一些教授也加入到了圣约瑟夫学院的教员队伍中。而且，由于全女性圣约瑟夫学院和全男性圣玛丽山学院的校园相距仅几英里，因此两所学校在社交生活方面历来相互依赖。 1967年，圣约瑟夫学院的女学生开始在圣玛丽山学院学习一些课程，圣玛丽山学院的男生也开始在圣约瑟夫学院学习一些课程。 1973 年，由于入学人数下降和运营成本上升，圣约瑟夫学院关闭并与圣玛丽山学院合并，从那时起，圣玛丽学院就完全男女同校。
===第二次世界大战===
第二次世界大战期间，圣玛丽山学院是全国 131 所学院和大学之一，参加了 V-12 海军学院培训计划，该计划为学生提供了进入海军委员会的途径。
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