纽约州随后向海军请求提供一艘训练船。 1874年12月14日，圣玛丽号航空母舰抵达纽约港，成为纽约航海学校（学院最初的名称）的第一个所在地。 它最初由纽约市教育委员会管理，是一所文法学校，在冬季学期教授普通学校科目（以及航海课程），然后在夏季学期举办实践巡航。 随着时间的推移，学校开始教授更高级的专业科目。 在早期阶段，学校通常每年拨款 20,000 至 30,000 美元，学校经常面临关闭，因为每个学生的成本比普通公立学校高得多，这主要是由于船舶维护和学生委员会的管理费用。
1907 年，圣玛丽号被风帆与蒸汽混合动力炮艇纽波特号取代。
1913年，纽约市因其成本问题威胁要关闭这所学校。 然而，纽约州接管了其管理权，并将其更名为纽约州航海学校。 尽管是一所公立机构，该学校在 1916 年几乎因预算原因而关闭，但航海业和学校校友的努力使其得以生存。 此后，美国商船队不断壮大，对受过训练的美国商船队的更大需求也为学校带来了发展。
在此期间，除了学监外，学校还由理事会管理。 1921 年，这所长期搬迁的学校位于纽约港的贝德洛岛（现为自由岛）。 在那里他们被允许使用军队设施。 随着时间的推移，岛上的条件被认为不足以教授现代商船。
随着需求的不断增长，时任主管詹姆斯·哈维·托姆 (James Harvey Tomb) 从 1927 年开始推动购买一艘更大的船只和一所陆上机构。这艘船以“Procyon”号的形式出现，并更名为“帝国号”。 这艘船有效地将学校的规模扩大了一倍。
该学校于 1929 年更名为纽约州商船学院，最终于 1938 年在海事学院现位于斯凯勒堡的 Throggs Neck 校区建立陆上学校。富兰克林·D·罗斯福作为纽约州州长的最后行动之一是签署了将斯凯勒堡和斯罗格斯内克半岛移交给学校作为岸上高等教育设施的法案。斯凯勒堡的修复工作首先由临时紧急救援管理局 (TERA) 于 1934 年完成，随后由工程进步管理局于 1935 年完成。堡垒得到修复，学校得以在 1938 年在那里运营。1941 年第三次更名，学校更名为纽约州海事学院。
1946年，获得学位授予地位，学院成为一所学院。两年后，该学院成为最早并入纽约州立大学系统的院校之一。 1949 年，仅仅一年后，这所新成立的大学就更名为现在的名称：纽约州立大学海事学院。
==学术界==
学院的所有学士学位课程都可以与美国商船军官专业执照的准备相结合。学院还提供国际运输管理和海事与海军研究硕士学位；以及一些专业海员培训研究生证书。大多数学位课程可以在完成美国商船三副或第三助理工程师执照的同时完成。此外，纽约州立大学海事学院在纽约大都市地区拥有唯一的美国海军/美国海军陆战队预备役军官训练团 …
