这些努力得到了乔治·W·布什总统的认可，授予了交通部长杰出单位奖，相当于国防部的总统单位嘉奖。
商船学院的见习官和毕业生参与了伊拉克战争的许多方面。许多毕业生在 2003 年战争准备期间参与了物资运输。美国海军预备役的许多毕业生已被征召入伍，在伊拉克和科威特港口担任海军支援职务。进入其他军种的毕业生在伊拉克扮演了更直接的角色。亚伦·西桑 (Aaron Seesan) 是 2003 届毕业生，也是美国陆军中尉，他是越南战争以来第一位在敌方行动中丧生的学院毕业生。从那时起，另外两名毕业生，美国海军中将弗朗西斯·L·托纳（Francis L. Toner，四级，2006 届）和美国海军陆战队四级威廉·N·唐纳利（William N. Donnelly，四级）中尉（2008 级）在阿富汗服役期间去世。
2009年至2014年间，奥巴马政府在该学院投资了超过4.5亿美元，其中包括近1亿美元用于资本改善——这是该学院有史以来为硬件设施改善获得的最大资金。
由于海军军官候补生在二战以来该国卷入的每一次重大冲突中都服役过，因此该团有幸携带团级战斗旗帜。 商船学院是唯一一家有权这样做的联邦服务学院，并且该标准始终与颜色一起使用。见习官参加过的所有冲突的战役丝带有助于装饰战旗。 该学院的战旗上印有数字“142”，代表自该学院成立以来在战斗中阵亡的 USMMA 海军见习官人数。
2006年6月19日，乔治·W·布什总统在学院发表毕业典礼演讲，成为第一位访问学院的在任总统。
自2016年以来，该学院因其“海洋年”计划中涉嫌性侵犯和性骚扰而受到公众监督和立法者的严厉批评。该项目将学生安置在商船上，由于项目中存在多项性侵犯指控，该项目于 2016 年被暂停，并于 2021 年再次被暂停。在两次暂停之后，交通运输部和海事管理局实施了新的安全标准和改革。
2022 年，乔·拜登总统第二次向 2020 年 3 月 13 日至 2022 年 6 月 18 日期间出席的学院见习官授予交通部长杰出单位奖，以表彰其在校园中的领导力和不懈努力，但更重要的是在 COVID-19 大流行造成的后勤危机期间为船舶配备人员。
==招生==
除了要求良好的 GPA 和 SAT/ACT 成绩外，为了有资格进入学院，候选人还必须：
具有良好的道德品质。
年满 17 岁，并且在入学当年的 7 月 1 日之前不得过了 25 岁生日。
因出生或入籍而成为美国公民，国会特别授权的有限数量的国际海军见习官除外。
满足任命为美国海军见习官所需的身体、安全和品格要求。
获得国会议员对学院的国会提名。
提交完整的申请；和
取得学术资格。
体检/体检合格——候选人必须通过 …
