年，校长罗伯特·A·科里根 (Robert A. Corrigan) 辞职。除了克拉克体育中心的开业和波士顿州立学院的合并之外，在他任职期间，他还监督了该大学第一个博士项目（环境科学）的授权、约翰·W·麦考马克公共事务研究所的开设和为波士顿公立学校 (BPS) 优秀学生于 1983 年开设的城市学者计划，以及 1984 年威廉·门罗·特罗特黑人文化研究学院的开设。
=== 1988–2007：彭尼、戈拉和柯林斯总理职位 ===
1988 年，历史学家雪莉·A·彭尼 (Sherry A. Penney) 接替罗伯特·A·科里根 (Robert A. Corrigan) 出任财政大臣。她的任期最初因马萨诸塞州的经济衰退而受到影响，州长迈克尔·杜卡基斯对此作出回应，命令所有州机构削减 1989、1990 和 1991 财政年度的预算。为了应对预算削减，彭尼校长开始发起重大筹款活动，尽管国家支持有所下降，但仍实施了多个研究项目、博士项目，并监督了学校学院的重组。 1989年，彭尼校长监督城市港口研究所和毛里西奥·加斯顿拉丁裔社区发展和公共政策研究所的成立，后来监督艺术与科学学院分为科学与数学学院和文学院。 1990年，该大学开设了临床心理学、老年学和环境生物学博士学位课程。 1993年，公共和社区服务学院建立了劳动力资源中心，文学院建立了亚裔美国人研究学院，教育学院开始与马瑟学院合作，波士顿学院妇女和政府项目迁至麻省大学波士顿分校。尽管彭尼校长做出了努力，许多项目还是被合并或关闭，例如教育学院的本科教育学位。
1994年，卡内基高等教育委员会将麻省大学波士顿分校列为一所硕士综合大学。到1998年，该大学有四个主要研究领域，占该大学研究经费的四分之三：环境研究、高危人群的心理社会功能、教育以及健康和社会福利。 2000年，卡内基教学促进基金会将麻省大学波士顿分校升级为博士/研究型强化大学，麻省大学波士顿分校目前除了临床心理学、老年学和环境生物学外，还提供公共政策、计算机科学、护理和教育领域的七个博士课程。 20世纪90年代，该大学获得了Alpha Lambda Delta和金钥匙国际荣誉协会的校园分会。在彭尼校长任职期间，入学人数稳步增加，到 2000 年，学生总数达到 12,482 名，研究生人数达到 2,866 名，该大学的少数族裔或女性学生比例从 1988 年的十二分之一增加到 2000 年的三分之一。黑人教师的比例从 …
