1988 年的 13% 上升到 2000 年的 20%，女性教师的比例从 1988 年的不到三分之一上升到 2000 年。 1988 年到 2000 年为 41%。
2000年，彭尼财政大臣辞职。 2000 年，她由 David MacKenzie 临时接任，并于 2001 年 5 月由 Jo Ann M. Gora 永久接任。在戈拉任职期间，麦考马克公共事务研究所于2003年成为约翰·W·麦考马克政策与全球研究研究生院，并于2004年在化学家、麻省大学波士顿分校校友约翰·沃纳的指导下启动了世界上第一个绿色化学博士项目。戈拉于2004年辞去校长职务，临时由J·基思·莫特利接任。在 Motley 的临时任期内，该大学于 2005 年与达纳法伯/哈佛大学癌症中心建立了合作伙伴关系。
2004 年 4 月 2 日，惠特利堂 (Wheatley Hall) 旁边的新校园中心启用。该设施于 2001 年 7 月 20 日开始动工，并在强罗总理任职期间竣工。它成为校园的新入口，也是自 1979 年克拉克体育中心竣工以来建造的第一座建筑。与原来的哥伦比亚角校园建筑统一由砖砌成、面朝内不同，校园中心的设计使其玻璃正面可以看到波士顿港，办公室、美食广场、活动空间、学生俱乐部和活动空间为校园提供了旧建筑通常缺乏的凝聚力中心。 2005 年，迈克尔·F·柯林斯 (Michael F. Collins) 永久继任总理戈拉 (Gora)。
=== 2007 年至今：莫特利和苏亚雷斯-奥罗斯科总理职位 ===
2007 年初，柯林斯校长辞职，由该校首位黑人校长 J. 基思·莫特利 (J. Keith Motley) 继任。 2007 年，护理与健康科学学院启动了 GoKids Boston 计划，以对抗儿童肥胖；2008 年，教育研究生院更名为教育与人类发展学院。 2010 年，卡内基教学促进基金会第二次将麻省大学波士顿分校的称号升级为活跃度高的博士/研究型大学。
2013年，该大学建立了全球包容和社会发展学院（世界上第一个此类学院）、作为独立荣誉学院的大学荣誉计划和环境学院，并启动了跨学科的楠塔基特学期计划。 2014 年，该大学的研究活动已攀升至 6000 万美元，该大学开始开展 HarbourWalk 改进和海岸线稳定项目。到2014年秋季学期，学生总数已增至16,756人，其中研究生4,056人。博士生人数从2000年秋季的230人增加到2014年秋季的614人。
2014 …
