1863 年 3 月 10 日的董事会会议上决定正式关闭 WU，并任命了一个委员会来监督学校资产的出售。 AME教会的Daniel A. Payne主教出席了这次会议，他向AME教会提出以10,000美元从MEC购买学校及其所有资产的要约；最终被接受的要约。佩恩从一开始就与 WU 结下了不解之缘。从西伯利亚大学董事会成立之初起，他就在该执行委员会中任职，并与家人住在西伯利亚大学校园里，他的两个继子女是该校的学生。他毕业于葛底斯堡路德神学院，当学校的工作人员在其他地方工作时，他偶尔会被留下来负责 WU 及其课程。
除了支付学校及其资产的费用外，AME 教会还清偿了 WU 的债务。教会出售了另一处财产来筹集资金来做到这一点。 AME 教会对 WU 的收购由代表 AME 教会的三名人士负责监督。这些人包括佩恩、俄亥俄州曾斯维尔 AME 教会牧师、未来的主教詹姆斯·A·肖特 (James A. Shorter)。约翰·G·米切尔 (John G. Mitchell)，辛辛那提东区公立学校校长。这些人负责获得购买 WU 所需的资金。 1863 年 6 月 11 日，我们支付了该房产 2,500 美元的首付并签署了合同；使购买成为最终决定。
1863 年 6 月 10 日，新董事会批准了学校的新章程。佩恩被选为新改革的 WU 的校长，肖特担任财务主管，米切尔被任命为学校校长。新学校于 1863 年 7 月初开业，当时只有六名学生。入学人数不断增加，到 1864 年，学校的课程由米切尔和他的妻子范妮·A·米切尔 (Fannie A. Mitchell) 以及毕业于欧柏林学院的美国传教会教师埃丝特·马尔特比 (Esther Maltby) 授课。 1865 年，学校不仅提供传统课程，还提供希腊语、拉丁语和数学的高级课程。此时学校的学生可以选择的职业选择有限。男学生可以接受牧师培训，为 AME 教会服务。女学生可以接受培训，在基督教教育环境中担任教师，因为学校尚未获得可以在公立学校任教的毕业教师的许可。
从一开始，佩恩的任期就以双管齐下的课程方式为标志，一个管脚强调宗教，另一个管脚强调文化。学生每天必须参加两次教堂礼拜和宗教课程。这种做法在 WU 一直延续到 1891 年 6 月 17 日，当时学校董事会将宗教教学量减少到每天只有一次教堂礼拜。校园内每周还有两次祈祷会；其中一项是学生必修的。
====重建时期：1865-1877 …
