1828 年，董事会决定将学院非正式的预科部门转变为一所独立的学校，名为沃特维尔学院（最近称为科伯恩古典学院）。
1833 年，鲁弗斯·巴布科克 (Rufus Babcock) 成为科尔比的第二任总统。同年，学生们成立了全国第一个以大学为基础的反奴隶制协会。 1845 年，学院成立了第一个希腊协会，即 Delta Kappa Epsilon 分会，随后于 1850 年成立了 Zeta Psi 分会，于 1852 年成立了 Delta Upsilon 分会。
内战期间，许多年轻人被征召离开学校参加战斗。来自沃特维尔学院的理查德·香农 (Richard C. Shannon)、亨利·C·梅里亚姆 (Henry C. Merriam) 和本杰明·巴特勒 (Benjamin Butler)。沃特维尔学院的 27 名学生以及镇上的 100 多名男子在战争中丧生。战后的几年里，与许多美国大学的情况一样，沃特维尔学院只剩下很少的学生来支付账单，而且捐赠基金也耗尽了。学院正处于关闭的边缘。
1865 年 8 月 9 日，著名浸信会慈善家加德纳·科尔比 (Gardner Colby) 参加了沃特维尔学院 (Waterville College) 的毕业晚宴，除了学院院长詹姆斯·蒂夫特·钱普林 (James Tift Champlin) 之外，出席者不知道他宣布向该学院捐赠 50,000 美元；两年后，学院以他的名字命名。学院的受托人投票决定建造一座图书馆和教堂，以纪念在战争中死去的科尔比人，称为纪念馆；它于 1869 年初落成。由于学院位于沃特维尔，加上社会经济和政治差异，该学院与邻近的贝茨学院和鲍登学院保持隔离。 1871 年的毕业典礼上，以卢塞恩狮子为主题的马丁·米尔摩 (Martin Milmore) 雕塑被添加为建筑的中心装饰品。
1871 年秋天，科尔比大学成为新英格兰第一所接受女学生的全男性学院。全国 Sigma Kappa 联谊会于 1874 年由该学院首批五名女学生在科尔比成立。然而，学院在 1890 年将男女重新隔离。其中一栋建筑以第一位就读的女性玛丽·卡弗里·洛 (Mary Caffrey Low) 命名，她是 1875 届毕业生的告别演说者。1874 年，基于与科伯恩古典学院合作的成功，科尔比与希伯伦学院和霍尔顿学院（最近称为里克学院）建立了合作关系。 1893 年，希金斯古典学院也被转让给科尔比——该大学收购的最后一所预科学校。 …
