(Samuel T. Graves) 成为第二任总统。同年，神学院迁至现址，土地由著名浸信会和实业家约翰·D·洛克菲勒捐赠。 1890年，乔治·塞尔成为神学院的第三任院长。 1899 年，该校第一位非裔美国教员威廉·E·霍姆斯 (William E. Holmes) 离职，成为佐治亚州梅肯中央城市学院的第一任校长。
1906 年，约翰·霍普 (John Hope) 成为第一位非裔美国总统，并带领该校招生人数和学术地位不断提高。他设想建立一所学术严谨的大学，这将与布克·T·华盛顿对非裔美国人以农业和贸易为重点的教育的观点形成对立。 1913年，学院更名为莫尔豪斯学院，以纪念美国浸信会家庭宣教协会的通讯秘书亨利·L·莫尔豪斯牧师，他长期组织洛克菲勒和协会对学院的支持。莫尔豪斯学院于 1929 年与克拉克学院和斯佩尔曼学院签订了合作协议，后来扩大了合作范围，成立了亚特兰大大学中心。
塞缪尔·H·阿切尔 (Samuel H. Archer) 于 1931 年成为学院第五任校长，并选择了栗色和白色作为学校颜色，以反映他自己的母校科尔盖特大学 (Colgate University)。本杰明·梅斯 (Benjamin Mays) 于 1940 年就任校长。梅斯成为小马丁·路德·金 (Martin Luther King Jr.) 的导师，他推动了国际入学人数和声誉的增长。 20 世纪 60 年代，莫尔豪斯学院的学生参与了亚特兰大的民权运动。梅斯的演讲塑造了莫尔豪斯学生在他任职期间的发展。
1967 年，休·M·格洛斯特 (Hugh M. Gloster) 就任第七任总统。第二年，莫尔豪斯成为历史上第三个建立 Phi Beta Kappa 荣誉协会的黑人机构 (HBCU)。 1975年，格洛斯特建立了莫尔豪斯医学院，该医学院于1981年从莫尔豪斯学院独立出来。格洛斯特还与佐治亚理工学院、密歇根大学和波士顿大学建立了工程学双学位项目。
===近代史===
小勒罗伊·基思 (Leroy Keith Jr.) 于 1987 年被任命为校长。1995 年，校友沃尔特·E·梅西 (Walter E. Massey) 成为莫豪斯学院第九任校长。他的继任者、校友小罗伯特·迈克尔·富兰克林是该学院的第十任校长。 2012 年 11 月，校友约翰·西尔瓦努斯·威尔逊 (John Silvanus Wilson) 被宣布为该机构的第 11 任校长。 …
