年代不断增长的需求，波莫纳第四任校长詹姆斯·A·布莱斯德尔 (James A. Blaisdell) 考虑是否将学院发展成为一所能够获得额外资源的大型大学，还是保留一个能够提供更亲密的教育体验的小型机构。为了两者兼而有之，他受他在牛津观察到的学院大学模式的启发，寻求了一条替代道路，设想一组独立学院共享图书馆等集中资源。 1925 年 10 月 14 日，波莫纳学院成立 38 周年，成立了克莱蒙特学院联盟。北校区（当时的男子校区）的克拉克宿舍于 1929 年开始建设，反映了校长查尔斯·埃德蒙兹 (Charles Edmunds) 对学院住宿生活的优先考虑。埃德蒙兹曾担任中国广州岭南大学校长，他激发了该学院对亚洲文化日益浓厚的兴趣，并设立了亚洲研究项目。
大萧条期间，由于学生无力承担学费，波莫纳的入学人数下降，其预算也被削减了四分之一。第二次世界大战期间，该学院再次将自身定位于战时活动，举办了空军军事气象学项目以及陆军工程和外语专业培训项目课程。
===战后转型===
波莫纳任职时间最长的校长 E. Wilson Lyon 带领学院度过了从 1941 年到 1969 年的转型和动荡时期。战后，学院的入学人数增加到 1,000 人以上，并建造了多座宿舍楼和科学设施。其捐赠基金稳步增长，部分原因是 1942 年推出了艾伦·霍利 (Allen Hawley) 首创的延期捐赠筹款计划，称为波莫纳计划 (Pomona Plan)，参与者在去世时向学院捐款，即可获得终身年金。该计划的模式后来被许多其他大学采用。
里昂做出了多项与民权相关的进步性决定，包括在拘留期间支持日裔美国学生，以及 1952 年与田纳西州一所历史悠久的黑人大学菲斯克大学建立交换项目。他和女院长 Jean Walton 结束了波莫纳住宿生活中的性别隔离，首先是 1957 年开始向女性开放 Frary Dining Hall（当时是男子校园的一部分），后来在 20 世纪 60 年代末取消了顶议会规则，并在 1968 年引入了男女同校的住房。在这个时代，受反文化革命的影响，学生团体在社会上变得不那么保守，而更加积极参与政治。 1968 年，反对越南战争的抗议者占领了萨姆纳大厅，阻碍空军招募人员，并迫使 1970 年春季学期结束时取消课程。该学院的种族多样性也开始增加，活动人士成功推动该联盟于 1969 年建立黑人和拉丁裔研究项目。那年 2 月，卡内基大厦发生炸弹爆炸，一名秘书永久受伤；目前还没有找到罪魁祸首。
1969 …
