1780 年，肯塔基州成为一个州之前，弗吉尼亚州议会特许成立了特兰西瓦尼亚神学院。它主要是由长老会推动的。学校最初位于博伊尔县的一间小木屋内，于 1789 年搬到列克星敦。列克星敦的第一个地点是现在的格拉茨公园内的一栋单体建筑。
到1799年，该机构被称为“特兰西瓦尼亚大学”。 1818年，新的主教学楼建成。 1829 年它被烧毁，学校迁至第三街以北。老莫里森大楼于 1830-34 年在亨利·克莱 (Henry Clay) 的监督下建成，亨利·克莱既教授法律，又是特兰西瓦尼亚委员会的成员。到 1818 年，大学设有医学院、法学院、神学院以及文理学院。
基督教会的门徒在乔治敦创立了“培根学院”。它于1837年至1851年和1858年至1861年运营。1858年更名为肯塔基大学。1865年，学校的残余部分并入特兰西瓦尼亚大学。合并后的机构更名为“肯塔基大学”。
从那时起，特兰西瓦尼亚就一直在蓝草音乐地区的学术界占据主导地位，并且是南方政治领导层、军人家庭和商业精英的孩子们追捧的目的地。它吸引了许多政治上雄心勃勃的年轻人，其中包括德克萨斯州的创始人斯蒂芬·F·奥斯汀。
===内战后===
新机构使用特兰西瓦尼亚位于列克星敦的校园，同时保留肯塔基大学的名称。该大学重组为几个新的学院，其中包括肯塔基州农业与机械学院（A&M），该学院根据莫里尔法案公开特许为肯塔基大学的一个部门，作为赠地机构。但由于对由宗教团体控制的联邦政府资助的赠地学院存在疑问，A&M 学院于 1878 年被分拆出来，成为一所独立的国营机构。肯塔基农工大学很快发展成为该州旗舰公立大学之一——肯塔基大学。肯塔基大学圣经学院的前身是培根学院的希伯来文学系，于 1878 年获得了单独的特许状。肯塔基大学的神学院最终分离，但一直保留在同一校园内，直到 1950 年。后来更名为列克星敦神学院。 1903 年，成立于 1869 年的列克星敦女子学院汉密尔顿学院并入肯塔基大学。
由于肯塔基大学与其子机构肯塔基大学混淆，1908年更名为“特兰西瓦尼亚大学”。
=== 1988年商标纠纷===
1988 年，Hallmark Cards 开始销售“特兰西瓦尼亚大学”T 恤，特兰西瓦尼亚大学的商标遭到侵犯。该产品是为万圣节开发的，旨在成为一款新奇物品，据称是虚构的德古拉伯爵母校的大学服装。当特兰西瓦尼亚大学联系时，Hallmark 表示不知道真正的大学情况，并召回了所有未售出的产品。
==校园==
该大学坐落在占地 …
