AFOSI 特工、上士布兰登·伊诺斯 (Brandon Enos) 写给国会的一封信称，2009 年至 2013 年担任警长、该队前四分卫的迈克尔·C·古尔德 (Michael C. Gould) 中将多次干预涉及足球运动员的案件。古尔德则对《泰晤士报》表示，有关他干预调查的说法是“荒谬的”。 2016 年 6 月，五角大楼的一份报告判定古尔德有罪，罪名是在 2011 年至 2012 年期间干扰 AFOSI 的调查，包括阻止对足球教练的调查。 古尔德随后被大学橄榄球选拔委员会除名。
2014 年夏天，这些问题和其他问题再次成为全国关注的焦点，当时《公报》披露了一项对学院学员和教职人员行为的调查，其中包括对吸毒、酗酒、作弊和性侵犯的指控。 这种行为被描述为“如此疯狂，以至于 AFOSI 领导人取消了计划于 2012 年进行的一次诱捕行动，因为担心聚会上的卧底特工和机密线人不足以保护女性免受强奸”，促使学院负责人呼吁对学院的体育部门进行调查。
2023 年的一项调查发现，22% 的女学员和 4% 的男学员经历过不受欢迎的性接触，包括触摸和强奸。
===宗教气氛===
2005年，有指控称一些福音派基督教学员和工作人员在该学院实际上从事宗教传教活动。 这些指控，以及对空军如何处理其他宗教问题的担忧，促使学院毕业生迈克尔·韦恩斯坦对空军提起诉讼。 空军的一个小组对这些指控进行了调查，并于 2005 年 6 月 22 日发布了一份报告。该小组的调查发现“宗教氛围不涉及公开的宗教歧视，但未能充分满足所有成员的需求，并且缺乏对允许和不允许的信仰表达之间的界限的认识”。 调查期间发现的证据包括反犹太主义言论、电影《耶稣受难记》放映的官方赞助以及更衣室横幅上写着学院运动员为“耶稣队”效力。针对该小组的调查结果，空军发布了新的指导方针，以阻止在官方活动或会议上进行公众祈祷，并促进非基督教宗教的崇拜。
2010年，学院设立了一个户外礼拜区，供威卡教、新德鲁伊教或其他地球宗教的学员实践他们的信仰。同年进行的一项调查发现，41% 的自称非基督徒的学院学员表示，去年他们在学校至少遭受了一两次不受欢迎的宗教劝说。 然而，调查结果显示，感到有压力参加宗教活动的学员人数比往年有所下降。 科罗拉多州国会议员迈克·科夫曼批评该学院拒绝公布调查结果细节的呼吁。两年后，66 名众议院共和党人抱怨去年 9 月制定的限制参加宗教活动要求的政策。
===欺凌事件===
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