1960 年，该机构的名称从普吉特海湾学院更名为今天的普吉特海湾大学。
菲利普·M·菲布斯 (Phillip M. Phibbs) 从 1973 年到 1992 年担任主席，努力改变普吉特海湾的基调。 1980年，该机构剥离了与卫理公会的联系，一个独立的董事会承担了该机构的全部财务责任。也是在这段时间，该机构开始专注于本科教育，逐步取消除法学院和大多数研究生课程之外的所有校外课程。在此期间，图书馆藏书不断扩大，师资队伍也大大扩展。
随着校长苏珊·雷斯内克·皮尔斯（Susan Resneck Pierce，1992-2003）的上任，法学院立即被出售给西雅图大学，此举旨在将该机构的资源集中在其本科校园上。在她任职期间，该机构完成了近 1 亿美元的新建和翻新工程。柯林斯纪念图书馆和四栋学术建筑进行了翻修，并建造了怀亚特大厅，以满足人文系不断增长的班级和办公空间需求。 Trimble 宿舍楼建成，使学生在校住宿率达到 65%。 SAT 成绩从 1067 分上升到 1253 分，捐赠金额增加了两倍多。
普吉特海湾 2003 年至 2016 年初的校长是罗纳德·R·托马斯 (Ronald R. Thomas)，他是一位维多利亚文学学者，也是三一学院的前副校长，被许多学生亲切地称为“罗恩·汤姆”。
2016 年 2 月，该机构宣布选择伊赛亚·克劳福德 (Isiaah Crawford) 在托马斯退休后担任下一任主席。克劳福德总统于2016年7月1日就职。
汤普森大楼 (Thompson Hall) 是该机构的科学之家，经历了重大翻修，包括在大楼西侧联合大道 (Union Avenue) 建造一座新翼楼 (Harned Hall，2006 年竣工)，并对现有翼楼和庭院进行大规模翻修，以便升级实验室和设施。整个项目于 2008 年中期完成。整个建筑群现在在当地被称为“普吉特湾科学中心”。现在完全封闭的庭院有一个引人注目的有机玻璃结构，里面有一家咖啡店，奥本海默咖啡馆。
2013 年秋季，普吉特湾开设了托马斯大厅 (Thomas Hall)，这是一个供高年级学生使用的宿舍，设有 11 个“宿舍”，围绕五个学术住宿项目组织：人文项目、环境户外领导力、国际体验式学习、创业和荣誉项目。该大厅可容纳 135 名学生，包括一间研讨室、四间书房和一个可容纳约 150 人的活动/会议空间，可举办特别活动、客座讲座、表演等。
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