(Temple Lea Houston)，他是萨姆·休斯顿 (Sam Houston) 总统的儿子，一位著名的西方枪手和律师；劳伦斯·沙利文·罗斯 (Lawrence Sullivan "Sul" Ross) 是著名的南部邦联将军，后来担任德克萨斯农工大学校长。
美国内战前半段，贝勒总统是乔治·华盛顿·贝恩斯，他是未来美国总统林登·约翰逊的外曾祖父。在内战期间，当男学生离开学业参军参军时，他积极致力于维持大学的运转。战后，独立市慢慢衰落，主要是由于圣达菲铁路服务的邻近城市的崛起造成的。由于独立城缺乏铁路线，大学之父们开始寻找建造新校园的地点。
1885 年开始，贝勒大学迁至德克萨斯州韦科，这是一个铁路沿线不断发展的城镇。它与当地一所名为韦科大学的学院合并。当时，贝勒第二任校长伯勒森担任当地学院的校长。同年，贝勒女子学院也搬到了新地点，德克萨斯州贝尔顿。它后来被称为玛丽哈丁贝勒大学。独立城仍然存在贝勒学院公园，以纪念该学院的历史。 1887 年左右，贝勒大学开始重新招收女性，并再次实行男女同校。
1890 年代，威廉·考珀·布莱恩 (William Cowper Brann) 在韦科出版了非常成功的反传统报纸。他的目标之一是贝勒大学。布莱恩透露，贝勒官员一直在进口传教士招募的南美儿童，并让他们成为家庭佣人。布莱恩被贝勒支持者汤姆·戴维斯射中背部。布莱恩随后转身拔出手枪，杀死了戴维斯。布莱恩在朋友的帮助下回家，但因伤重不治身亡。
1900 年，三名医生在达拉斯创立了达拉斯大学医学系，尽管当时并没有以该名称命名的大学。 1903 年，贝勒大学收购了医学院，该医学院后来被称为贝勒医学院，但仍留在达拉斯。 1943 年，达拉斯市民领袖提出，如果医学院放弃与浸信会州代表大会的教派联盟，则愿意在新的医疗中心为大学建造更大的设施。贝勒政府拒绝了这一提议，并在 M.D. 安德森基金会和其他机构的资助下，将医学院迁至休斯顿。 1969 年，贝勒医学院在技术上独立于贝勒大学。这两所机构仍然保持着紧密的联系，贝勒仍然选举大约 25% 的医学院董事会成员。他们还共享学术联系并共同开展研究工作。
第二次世界大战期间，贝勒是全国 131 所学院和大学之一，参加了 V-12 海军学院培训计划，该计划为学生提供了进入海军委员会的途径。
该大学于 1964 年首次招收黑人学生。第一位黑人毕业生是韦科的罗伯特·吉尔伯特。
1991 年，贝勒开始任命董事会的大多数成员，使其部分独立于德克萨斯州浸信会总会。
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