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该大学因 COVID-19 关闭，并于 2020 年 3 月 11 日在本学期剩余时间内转向在线学习。在 2020 年秋季学期，BU 提供了一个混合系统，允许学生决定是参加远程课程还是亲自参加。较大的班级将被分成较小的小组，在在线和面对面课程之间轮流进行。学校于 2020 年 7 月 27 日开始对教职员工和学生进行自己的 COVID-19 测试。新的 BU 临床测试实验室加快了测试速度，可以在第二天向学生、教职员工和教职人员提供结果。该实验室使用 8 个机器人每天处理多达 6,000 项测试。接触者追踪小组是控制校园感染过程的一部分。 BU还开设了一个新网站“Back2BU”，为学生提供重新开学的最新信息。测试结果发布在 BU 的公共 COVID-19 测试数据仪表板上。
波士顿大学国家新发传染病实验室 (NEIDL) 自 2020 年 3 月以来一直在研究活的冠状病毒样本，当时是新英格兰唯一拥有活样本的实验室。
2020 年 8 月，BU 向美国专利商标局提交了服务标记申请，以确保学生主导的校园 COVID-19 安全计划获得“F*ck It Won't Cut It”这一短语。该申请称，该口号旨在促进“大学生和大学生在 COVID-19 环境中采取安全、明智的行动和行为”。
2021 年 7 月，BU 宣布 2022 年秋季学期将要求教职员工接种 COVID-19 疫苗。此前，四月份宣布要求所有学生接种疫苗。
==== COVID-19 研究和功能获得争议 ====
2022 年 10 月，波士顿大学国家新发传染病实验室在生物安全 3 级实验室进行了研究，该研究用 Omicron 变体的刺突蛋白修改了导致 COVID-19 的病毒原始株。这导致了一种病毒对实验室小鼠的致命性比 Omicron 变种本身更高，但比原始毒株的致命性要低。一些医学权威批评这项研究是危险的“功能获得”研究，但另一些人则认为，从技术上讲，它并不能算作功能获得研究，因为修改后的病毒恰好不如原始毒株那么致命。然而，哈佛大学的马克·利普西奇 (Marc Lipsitch) 认为，“这些毫无疑问是功能获得性实验。正如许多人指出的那样，这是一个非常广泛的术语，涵盖许多无害和一些潜在危险的实验。GOF 是一种科学技术，而不是一个绰号。”虽然波士顿大学的研究人员获得了内部研究和波士顿政府的批准，但他们未能通知该实验室的资助者美国政府国家过敏和传染病研究所。
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