1889 年 10 月 2 日成立，是美国第一所全研究生大学，设有数学、物理、化学、生物学和心理学系。
G. 斯坦利·霍尔 (G. Stanley Hall) 于 1888 年被任命为克拉克大学首任校长。他曾担任约翰·霍普金斯大学 (Johns Hopkins University) 的心理学和教育学教授，该大学成立仅几年，很快就成为现代研究型大学的典范。霍尔在欧洲花了七个月的时间访问其他大学并招募教师。他成为美国心理学会的创始人，并在哈佛大学获得美国第一个心理学博士学位。从那时起，克拉克在心理学作为美国一门杰出学科的发展过程中发挥了突出的作用。弗兰茨·博阿斯是美国文化人类学的创始人，也是克拉克大学 1891 年授予的第一个人类学博士学位的顾问，他从 1888 年开始在克拉克大学任教，直到 1892 年因与霍尔校长关于学术自由的争执而辞职，加入哥伦比亚大学任教。艾伯特·A·迈克尔逊 (Albert A. Michelson) 是第一位获得诺贝尔物理学奖的美国人，因参与测量光速的迈克尔逊-莫雷实验而闻名。他于 1889 年至 1892 年担任教授，后来成为芝加哥大学物理系主任。
乔纳斯·G·克拉克 (Jonas G. Clark) 于 1900 年去世，给大学和校园图书馆留下了礼物，但保留了一半的遗产用于建立一所本科学院。多年来，这一直遭到霍尔校长的强烈反对，但克拉克学院于 1902 年成立，独立于克拉克大学管理。克拉克学院和克拉克大学一直由不同的校长担任，直到 1920 年霍尔退休为止。克拉克大学在克拉克去世后开始招收女性，并于 1908 年颁发了第一位女性心理学博士学位。早期的心理学博士生来自不同种族，其中几位早期毕业生是日本人。 1920 年，弗朗西斯·萨姆纳 (Francis Sumner) 成为第一位获得心理学博士学位的非裔美国人。
克拉克大学与斯坦福大学和约翰霍普金斯大学一起，是美国大学协会的十四个创始成员之一，该协会是一个由在研究和研究生教育方面最负盛名的大学组成的组织，并且是新英格兰仅有的三所创始成员之一，另外还有哈佛大学和耶鲁大学。克拉克以与其使命相冲突为由，于 1999 年退出了其会员资格。
===克拉克讲座===
为了庆祝克拉克建校20周年，霍尔校长邀请了多位顶尖思想家来到该大学。其中包括西格蒙德·弗洛伊德，他于 1909 年 9 月在卡尔·荣格的陪同下，在五天内发表了五场著名的“克拉克讲座”，向美国观众介绍了精神分析。这是弗洛伊德唯一一次访问美国。克拉克授予弗洛伊德荣誉学位，该学位悬挂在奥地利维也纳的西格蒙德弗洛伊德之家。这是弗洛伊德一生中获得的为数不多的官方荣誉之一。
===后来的历史===
20 …
