Christopher Wren Building）。雷恩爵士楼是目前美国最古老的仍在使用的教学楼。
1722年，学院所在的威廉斯堡获得了皇家宪章升格为自治城市地位。1699年至1780年间，威廉斯堡是弗吉尼亚的首都。在这段时间内，学院曾一度在弗吉尼亚的立法中扮演了重要的角色。美国的第二任总统托马斯·杰斐逊、第五任总统詹姆斯·门罗和第十任总统约翰·泰勒均曾在学院就读。华盛顿在17岁时亦从学院获得测量师执照，之后更在学院担任校监。因为和美国国父的紧密联系，威廉与玛丽学院获得了“美国母校”的雅称。
1750年11月11日，美国首个大学秘密社团平顶帽社（F.H.C. Society）在威廉与玛丽学院成立。1776年12月5日，两位学院的学生约翰·希思和威廉·肖特成立了美国首个大学兄弟会Phi Beta Kappa社，用于私下讨论文学和哲学话题。
威廉与玛丽学院是英国在美洲殖民地创立的第二所大学，仅次于哈佛大学（1636年），早于耶鲁大学（1701年），是美国建国前的殖民地九校之一。
=== 独立战争至美国内战时期 ===
1776年，已在威廉与玛丽学院就读一年半的詹姆斯·门罗在选择了退学并加入了大陆军的弗吉尼亚第三团。在美国革命期间，弗吉尼亚殖民地确立了宗教自由的原则，这也间接促使学校摆脱了传统的对英国国教会的依附。时任校长的詹姆斯·麦迪逊牧师（即后来的总统麦迪逊的表亲）连同校董杰弗逊一道废除了神学院和印第安人学院。1779年，威廉与玛丽学院建立了美国首家法学院和医学院，学院同时还对课程进行了改革，引入了选课制和荣誉制度。
学院在美国内战前对蓄奴持支持态度。例如在1836年至1846年间担任校长的托马斯·德鲁（Thomas R. Dew）就公开为奴隶制度辩护过。
1842年，从威廉与玛丽学院毕业的校友们组建了美国第六古老的校友会，校友会大楼也是目前校园内仅存的建成于美国内战前的建筑。1859年，一场大火摧毁了学院楼的内部，但是大楼的结构没有遭到破坏。
美国内战爆发后，学院内大量的学生被征召入伍，与北军作战。因为战事持续不止，学校的运行受到影响。终于在1861年的5月10日，教员大会决定关闭学院。学院关闭后，学院楼先被改造成一所军营，在北军占领之后又改成一所战地医院。1862年5月5日，威廉斯堡战役打响。翌日，北军占领了威廉斯堡。威廉与玛丽学院的布拉弗顿（The Brafferton）被北军当作指挥官住所。1862年9月9日，宾夕法尼亚第五骑兵团的士兵们在喝醉后向学院楼纵火。事后肇事者们辩解是他们为了阻止南军的狙击手使用该楼作掩护。北军的占领对学院造成了巨大的破坏。
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