内战时期 ===
美国内战极大地影响了乔治敦大学，其中该大学有1141名学生或校友参加了内战中的一方或另一方，联邦军还征用了该大学的建筑。1861年5月，美国总统亚伯拉罕·林肯来到校园时，学校里的临时营地已驻扎了1400人。由于死伤严重，乔治敦大学的入学水平在战争结束后相当长的一段时间内都很低。1869年毕业生数量仅仅为7人，而前十年的水平为300人。刺杀林肯的同谋大卫·赫罗德曾在1855年至1858年在乔治敦大学学习，并于1860年获得了药学文凭。该校的赛艇队乔治敦学院划船俱乐部在1876年成立时，采用联邦军制服的蓝色和邦联军制服的灰色为其颜色，以显示学生间的和平统一。在此之后，蓝灰被学校采用为其官方颜色。
直到1873年至1881年帕特里克·弗朗西斯·希利任校长期间，乔治敦大学的入学水平才得以从战争中恢复。依照当时法律，希利出生时的身份为奴隶。因此，他是美国历史上第一个在白人主导的大学当中担任校长的具有非裔背景的人[b]。在希利担任校长期间，他改革了本科生课程，延长了医学和法学专业的时间，还建立了校友会。与此同时，他主持建造了一幢重要的新建筑，即后来以他的名字命名的希利堂。由于希利的贡献，他被认为是该校的“再造之父”。
=== 扩建时期 ===
1870年法学院建立后，希利和他的继任者希望把各个专业学院联合起来组建成一所综合性大学，并使之专注于高等教育。1医学院于1901年增设牙科学院，与1903年增设颁发本科学位的护理和健康研究学院。1919年，乔治敦预备校从校园中重新选址并于1927年和大学完全分离。1919年，外交学院由埃德蒙·A·沃尔什建立，以培养外贸和外交方面的领导人才。1957年，商学院和外交学院分离，并于1998年以罗伯特·E·麦克唐纳之名重新命名为麦克唐纳商学院。
除了对大学进行扩建，乔治敦大学同时也扩充资金和招生规模为目标。护理学院自其建立以来就开始招收女生，而其他学院在1952年前只对女生有限开放。随着1969至1970学年文理学院开始招收女生，乔治敦大学最终完全实现男女同校。乔治敦大学在两百年校庆时选举里奥·J·奥多诺万担任校长。为了为学校募集更多资金，他发起了“第三世纪运动”。2003年12月，乔治敦大学完成了该运动，筹集了逾10亿美元的资金。自2001年起，约翰·德吉奥亚成为首位世俗校长，并开始领导乔治敦大学。他继续进行财政现代化，且试图“扩展文化间和宗教间的对话”，其措施包括在卡塔尔建立校区。
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