1886 年，学校于 1887 年开业，詹姆斯·雷布曼 (James Rebmann) 神父担任第一任院长，并招收了七名男孩。他们由 17 名教师授课，其中包括耶稣会神父和受训耶稣会士、学者。到年底，更多的学生入学，但有两人被开除，到年底学生人数已达 18 名，全部是白人。耶稣会传教士约瑟夫·乔塞特神父试图招收两名美国原住民男孩，但由于仅限白人的政策而遭到拒绝。雷布曼神父告诉乔塞特，学校只对“美国人”开放，他不认为印度人是这样的。非天主教男孩也被拒绝，至少在学院的第一年是这样。
被开除的学生可能违反了盗窃、不服从、不洁或禁止饮酒和吸烟等违法行为的规定。男孩们始终受到监督，在没有监护人的情况下不允许离开校园。他们早上 5:30 起床，一直工作到晚上 8:30 熄灯。学生们每周参加六天弥撒，周日两次，并且经常面临令人畏惧的升级考试。学校分为针对小学适龄男孩的预科部、包含第三、第二和第一部的学术部，以及像文理学院一样的高级部，负责诗歌、修辞学和哲学。第二年，开始招收 35 名男孩，其中 27 名男孩到年底仍在就读。到 1890 年，原来的 17 名教员中的 3 名留了下来。最初的院长由查尔斯·麦金神父继任，1891 年由约翰·巴普蒂斯特·雷内神父接替。他任职至 1893 年，由利奥波德·范·戈尔普神父接替。
除非通过由学习主管监督的严格考试，否则学生不得升入更高年级。学生在准备过程中可能会因焦虑而生病，有些人会退学而不去面对考试。
冈萨加向两名学生授予了第一个文学学士学位。 1897 年规划建造了一栋四层建筑，并于 1899 年作为新冈萨加 (New Gonzaga) 开业。 1892 年，感恩节那天，冈萨加首次举办了名为“college-down”的足球比赛，招收了 50 名男孩。同年，冈萨加增建了新宿舍和木结构圣阿洛伊修斯教堂，校园首次通电。
=== 红衣主教 Bea House 丑闻 ===
2018 年，调查报告中心公布的证据表明，天主教会使用位于冈萨加校园旁边的耶稣会修道会拥有的红衣主教比亚别墅 (Cardinal Bea House) 作为退休之家，收容从 1970 年代到 2016 年在太平洋西北地区和阿拉斯加有过性掠夺和性虐待历史的牧师。遭受性虐待的牧师被悄悄留在那里，与弱势群体不接触，但也免受伤害。任何责任 因为他们所犯下的虐待行为。最后一位施虐的神父于 2016 年搬出了 Bea 主教之家。
《斯波坎发言人评论》报纸质疑冈萨加总统塞恩·麦卡洛的说法，即他在担任总统之前或担任总统期间并不知道红衣主教比亚之家中存在虐待牧师的情况。
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