该机构（现爱荷华州立大学）于 1858 年 3 月 22 日经大会正式成立。 1859 年 6 月 21 日，斯托里县击败了约翰逊县、科苏斯县、马歇尔县和波尔克县的提议，最终被选为所在地。原来的农场占地 648 英亩（2.62 平方公里），是花费 5,379 美元购买的。
爱荷华州是全美第一个接受 1862 年《莫里尔法案》条款的州。该州随后于 1864 年 3 月 29 日指定爱荷华州立大学为赠地大学。爱荷华州立大学是四所声称是美国第一所赠地大学的大学之一，其他三所大学是堪萨斯州立大学、密歇根州立大学和宾夕法尼亚州立大学。
从一开始，爱荷华农学院就致力于实现高等教育应向所有人开放以及大学应教授自由和实践科目的理想。这些理想是赠地大学不可或缺的一部分。
该机构自 1868 年招收第一批学生以来一直实行男女同校。次年开始正式招生，1872 年第一批毕业班由 24 名男性和 2 名女性组成。
农舍是爱荷华州立大学校园的第一座建筑，于 1861 年竣工，当时校园还没有被学生或教室占用。它成为模范农场负责人的住所，后来又成为农业院长的住所，包括西曼·纳普和詹姆斯·“塔玛·吉姆”·威尔逊。爱荷华州首任总统阿多尼贾·韦尔奇 (Adonijah Welch) 曾在农场别墅短暂停留，并在二楼的卧室里写下就职演说。
爱荷华州实验站是该大学的显着特色之一。 教授实用的教学课程，包括旨在为农民职业生涯提供一般培训的课程。 机械、土木、电气和采矿工程课程也是课程的一部分。
1870 年，韦尔奇总统和农业教授 I. P. 罗伯茨在锡达福尔斯、康瑟尔布拉夫斯、华盛顿和马斯卡廷举办了为期三天的农民研讨会。 这些学院成为最早由赠地机构在校外开设的学院，也是 20 世纪扩建的先驱。
1872年，第一批国内经济课程（家政学、家庭学和消费者科学）开设，由总统夫人玛丽·B·韦尔奇教授。爱荷华州立大学成为第一所提供国内经济培训以获得大学学分的赠地大学。
1879年，兽医学院成立，成为美国第一所州立兽医学院。这原本是一个为期两年的课程，获得文凭。 兽医课程包括动物学、植物学、家畜解剖学、兽医产科和卫生科学课程。
1891 年，威廉·米勒·比尔斯希尔 (William Miller Beardshear) 被任命为爱荷华州总统。在他任职期间，爱荷华农学院真正走向成熟。 Beardshear 开发了新的农业项目，并在聘用 Anson Marston、Louis …
