1858 年成立的曼哈顿私立蓝山中央学院改为州立大学。但在曼哈顿建立大学的法案遭到劳伦斯州长查尔斯·L·罗宾逊(Charles L. Robinson)的有争议的否决，而立法机关推翻否决的尝试以两票之差失败。 1862年，另一项将曼哈顿设为州立大学所在地的法案以一票之差失败。最后，在 1863 年 2 月 16 日的第三次尝试中，州政府接受了曼哈顿捐赠蓝山学院建筑和场地的提议，并在该地点建立了州赠地学院——该机构后来成为堪萨斯州立大学。
当学院于 1863 年 9 月 2 日开办第一届课程时，它成为美国第二所平等招收男女的公立高等教育机构。第一期共有 52 名学生报名，其中男性 26 名，女性 26 名。开学 12 年后，该大学于 1875 年将主校区从蓝山中央学院所在地迁至现址。原址现为曼哈顿中央国家银行和 Founders Hill 公寓。
该机构成立之初，见证了关于学院是否应该提供重点农业教育或全面的文科教育的争论。在这个时代，学校的基调随着大学校长的任期而变化。例如，约翰·A·安德森总统（John A. Anderson，1873-1879）赞成有限的教育，而乔治·T·费尔柴尔德总统（George T. Fairchild，1879-1897）则赞成经典的自由教育。费尔柴尔德曾说过：“我们学院的存在与其说是为了培养男性农民，不如说是为了让农民成为男人。”
1873 年，堪萨斯州立大学在这一时期开创了女性家政学的学术教学，成为最早提供该课程的两所学院之一。
1928年11月，该校被美国大学协会（AAU）认可为一所毕业生被认为有能力从事高级研究生工作的学校。 1931年学校更名为堪萨斯州立农业与应用科学学院。 1959 年，堪萨斯州立法机构再次更名为堪萨斯州立农业与应用科学大学，以反映研究生课程数量的不断增加。然而，在现代实践中，“农业和应用科学”部分甚至在国家法规等官方文件中通常也被省略。
米尔顿·S·艾森豪威尔 (Milton S. Eisenhower) 于 1943 年至 1950 年间担任美国总统。艾森豪威尔是联合国教科文组织的一位主要代表，并担任美国联合国教科文组织全国委员会的首任主席。受到与联合国教科文组织合作的影响，他在堪萨斯州立学院推行了一系列渐进式改革，以促进民主、公民意识和全球和平建设。这些课程改革在 1947 年至 1950 年间引发了校园和平建设运动，鼓动公民参与、人道主义行动和废除种族隔离。
2009年6月15日，柯克·舒尔茨就任堪萨斯州立大学第13任校长。 …
