1863 年，霍华德学院被南部邦联政府改建为军事医院。在此期间，学院剩余的教员为在医院康复的士兵提供基本指导。战后短时间内，联邦军队占领了该学院，并在校园内庇护了被解放的奴隶。
1865年，学院重新开放。贾贝兹·拉马尔·门罗·库里 (Jabez Lamar Monroe Curry) 是一名律师、前美国国会议员和南方邦联军官，于 1865 年至 1868 年间担任总统。他致力于更广泛的教育事业，并支持扩大师范学校培训。
1887 年，霍华德学院董事会接受了老罗伯特·杰米森 (Robert Jemison, Sr.) 拥有的东湖土地公司 (East Lake Land Company) 的土地出价，并将学院迁至距阿拉巴马州伯明翰市中心 6 英里的东湖新开发社区。留在马里昂的教员在旧校区成立了马里昂军事学院（MMI）。 MMI 继续在马里恩运营。
=== 20世纪===
1913年，学院完全实行男女同校制。霍华德学院于 1914 年增设音乐学院，次年增设教育与新闻学院。该学院于 1927 年设立药学系。当时，它是美国东南部唯一的此类课程。第二次世界大战期间，霍华德学院主办了 V-12 海军学院训练计划，允许入伍水兵在接受军事训练的同时获得大学学位。
战后，根据《退伍军人权利法案》，入读该学院的退伍军人人数使入学人数超出了容量。学院搬到了阴影谷，毗邻阿拉巴马州霍姆伍德曾经的埃奇伍德湖。新校区于 1955 年开始建设，并于 1957 年启用。1961 年，学院收购了美国最古老的法学院之一坎伯兰法学院。
除法学院外，霍华德学院还增设了新的商学院，并于 1965 年重组获得大学地位。由于“霍华德大学”这一名称已被华盛顿特区的一所学校使用，霍华德学院更名为“桑福德大学”，以纪念该校的长期受托人弗兰克·帕克·桑福德。 1973年，该大学收购了艾达·V·莫菲特护理学院。桑福德大学于1984年在英国肯辛顿设立了供学生出国留学的学习中心。
1989 年 9 月 21 日，桑福德大学教授威廉·李·斯莱格 (William Lee Slagle) 刺死了他的辩论队一名学生并逃脱。六个月后，斯莱格尔终于被抓获。
1994年，桑福德董事会投票允许董事会选举自己的成员。这使得该大学正式独立于阿拉巴马州浸信会州立大会，但直到 2017 年，大会领导人保留了董事会的当然席位，并就受托人的选择进行了咨询，并将新的受托人提交大会确认。大会领导人仍受邀参加董事会会议。该大学的信仰承诺的企业表达仍然是 …
