1851 年，蒙特利主教约瑟夫·萨多克·阿勒曼尼 (Joseph Sadoc Alemany) 向意大利耶稣会士约翰·诺比利 (John Nobili) 和迈克尔·阿科尔蒂 (Michael Accolti) 提供了该地点，条件是当加州在美墨战争 (1846-48) 后成为美国的一部分时，他们为加州不断增长的天主教人口建立一所大学。
1851 年，在淘金热的鼎盛时期，距加利福尼亚州获得建州不到一年的时间，在农业小镇圣克拉拉成立了两所学院。圣克拉拉学院是圣克拉拉大学的前身，是第一所向学生敞开大门的学院，也是该州历史最悠久的运营高等教育机构。圣克拉拉开始教学后不久，卫理公会开办的加州卫斯理学院（现称为太平洋大学）于 1851 年 7 月 10 日收到了州高等法院颁发的特许状——这是加州第一份特许状——并于次年 5 月开始招生。圣克拉拉耶稣会创始人缺乏获得特许状所需的 20,000 美元捐赠，但最终积累了这笔捐款，并于 1855 年 4 月 28 日获得了特许状。
圣克拉拉大学于 1857 年授予托马斯·I·伯金 (Thomas I. Bergin)，是加州第一个学士学位，两年后又授予该校第一个研究生学位。
加州历史学会是加州官方的州历史学会，于 1871 年 6 月在加州圣克拉拉学院校园内由一群著名的加州政治家和教授成立，由加州议员约翰·W·德维内尔（加州大学颇具影响力的创始人）领导。
===现代===
1912年，圣克拉拉学院更名为圣克拉拉大学，并增设了工程学院和法学院。
1923 年，利维商学院成立。
1961 年，圣克拉拉大学首次招收女性，这使得圣克拉拉大学成为加州第一所同时招收男性和女性的天主教大学。
1985 年，部分为了避免与南加州大学 (USC) 混淆，圣克拉拉大学（自 1912 年起就被称为圣克拉拉大学）更名为圣克拉拉大学。从 1986 年开始，文凭印有新名称。
2001年，教育与咨询心理学学院成立，提供硕士学位和其他证书课程。
2012 年，圣克拉拉大学庆祝了女性就读圣克拉拉大学 50 周年。
==校园==
大学地址位于加利福尼亚州圣克拉拉，但校园的很大一部分位于加利福尼亚州圣何塞边境。在过去的一个半世纪里，圣克拉拉大学校园面积已扩大至超过 106 英亩（43 公顷）。
20 世纪 50 年代，大学在旧大学校园仅存的两个开放空间上建造了沃尔什大厅和德塞塞特博物馆后，圣克拉拉开始从周围社区购买和吞并土地。第一个扩建项目发生得稍早一些，为足球和棒球运动场带来了空间。此后，特别是在 …
