2017 年，加州大学圣地亚哥分校 23 支校际校队运动队中的大多数仍参加 II 级联赛，由 12 名成员组成的加州大学体育协会，还有一些独立参加比赛。水球队、击剑队和男子排球队作为一级联赛的一部分进行比赛。在2000年加入Division II之前，学校参加的是Division III级别的比赛。球队在大学的 RIMAC 设施、Triton 棒球场和 LionTree 竞技场进行比赛。根据 Next College Student Athlete 的 2018 年 NCSA 实力排名，加州大学圣地亚哥分校在全国所有 NCAA D-II 学校中排名第一，总体排名第 40（所有级别）。 NCSA 实力排名表彰美国最适合学生运动员的学院和大学。加州大学圣地亚哥分校的体育运动还在男女足球、女排、男女篮球、男女游泳、男女田径、男女网球、男子高尔夫、女子赛艇、垒球和棒球等所有 NCAA D-II 学校中排名第一。此外，加州大学圣地亚哥分校在男子水球和男子排球方面在 NCAA D-I 学校中排名第一。
Tritons 队总共赢得了 30 次高尔夫、足球、垒球、网球、排球和水球全国冠军。 2006-07 赛季是加州大学圣地亚哥分校自转入二级联赛以来最好的赛季，有 19 个体育项目有资格参加季后赛，其中 17 个项目有资格参加 NCAA 锦标赛。其中八支球队进入了全国排名前五。
2007 年之前，加州大学圣地亚哥分校是唯一一所二级联赛学校不提供体育奖学金的学校。 2005 年，NCAA 制定了一项规则，强制要求所有 D-II 项目必须颁发运动补助金。因此，有人提议采取一项措施，开始向所有 600 名校际运动员提供 500 美元的“援助金”，以满足这一要求。 2007 年 2 月，学生公投获得通过，授权每年收取 329 美元的学生费，用于提高教练的工资、雇用更多的教练，并为所有运动员提供 500 美元的奖学金。
2011 年，体育系考虑转入 D-I 级别。学生团体需要批准将学生费用加倍，以便大学能够满足参加 D-I 的最低奖学金要求。然而，2012年，学生们以压倒性多数拒绝了这项措施，当时任何升入一级的努力都停止了。
2016 年 5 月 24 日，加州大学圣地亚哥分校的学生通过投票，将他们的体育运动转移到 NCAA 第一级。该校报纸《卫报》报道称，投票率为本科生人口的 35%，而该措施只需要 20% 即可通过。
该大学拥有30个体育俱乐部队，包括羽毛球、棒球、自行车、体育舞蹈、冰球、长曲棍球、橄榄球、帆船、足球、滑雪、网球、排球、极限运动、水球和滑水。加州大学圣地亚哥分校冲浪队曾六次获得全国冠军，并一直被评为美国最好的冲浪项目之一。加州大学圣地亚哥分校没有橄榄球队。然而，该大学在 …
