20 世纪 60 年代中期加大对越南战争的介入力度，一名学生在校园上空升起一面越盟旗帜，进一步引发了学生的骚乱。随着战争的继续，抗议活动不断升级，1970 年国民警卫队向肯特州立大学的学生抗议者开枪后，抗议活动进一步加剧。200 多名学生占领了 Urey Hall，其中一名学生自焚以抗议战争。 1970年5月11日，历史专业本科生小乔治·温恩(George Winne, Jr.)在校园里举着“以上帝之名结束这场战争”的牌子自焚身亡。
早期的研究活动和教师质量，特别是在科学领域，对于塑造大学的重点和文化至关重要。甚至在加州大学圣地亚哥分校拥有自己的校园之前，新聘的教师就已经取得了重大的研究突破，例如基林曲线，该曲线绘制了大气中二氧化碳水平迅速增加的图表，是全球气候变化的第一个重要证据； Kohn-Sham 方程，用于研究量子化学中的特定原子和分子；米勒-尤里实验催生了生命起源化学领域。
随着大学的成熟，工程学，特别是计算机科学，成为大学学术的重要组成部分。大学研究人员帮助开发了 UCSD Pascal，这是一种早期的独立于机器的编程语言，后来对 Java 产生了重大影响；国家科学基金会网络，互联网的前身；以及 20 世纪 70 年代末至 80 年代的网络新闻传输协议。
1980 年至 1995 年，在理查德·C·阿特金森 (Richard C. Atkinson) 校长的领导下，该大学通过鼓励与发展中企业的技术转让，加强了与圣地亚哥市的联系，将圣地亚哥转变为技术型行业的世界领先者。在他的领导下，工程学院迅速扩张，后来以高通创始人欧文·雅各布斯的名字重新命名，建立了圣地亚哥超级计算机中心，并设立了计算机科学、电气工程和生物工程系。在他执政期间，私人捐款从每年 1,500 万美元增加到近 5,000 万美元，师资队伍扩大了近 50%，入学人数翻了一番，达到约 18,000 名学生。在他任期结束时，加州大学圣地亚哥分校研究生课程的质量被国家研究委员会评为全国第十名。
在新千年的第一个十年里，该大学继续进一步扩张，建立和建设了两所新的专业学院——斯卡格斯药学院和拉迪管理学院——以及与加州大学欧文分校联合运营的加州电信和信息技术研究所。加州大学圣地亚哥分校在此期间还实现了两个财务里程碑，成为西部地区第一所在 2007 年八年筹款活动中筹集超过 10 亿美元的大学，并在 2010 年首次通过研究合同和拨款在一个财政年度内额外获得了 …
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