(William Reuben Thomas) 的领导下，积极争取成为新大学的所在地，其主要竞争对手是莱克城 (Lake City)。经过短暂而激烈的游说后，控制委员会于 1905 年 7 月 6 日选择了盖恩斯维尔，并拨款在该镇西部边缘建设新校区。然而，由于盖恩斯维尔的设施几个月后才能准备好接收学生，因此新大学在 1905-1906 学年期间被安置在莱克城佛罗里达农业学院的前校园内。前 FAC 主席安德鲁·斯莱德 (Andrew Sledd) 被选为佛罗里达州立大学首任校长。
佛罗里达州立大学盖恩斯维尔分校的第一学期于 1906 年 9 月 26 日开始，招收了 102 名学生。当时已建成两栋建筑：巴克曼大厅 (Buckman Hall)，以创建大学的法律的主要作者的名字命名；托马斯大厅 (Thomas Hall)，以盖恩斯维尔市长的名字命名，盖恩斯维尔市长成功地领导了将学校迁入城镇的努力。这两座建筑均由威廉·A·爱德华兹 (William A. Edwards) 设计，他作为佛罗里达州控制委员会的首席建筑师，设计了该大学许多哥特式大学风格的原始建筑。
第一任大学校长安德鲁·斯莱德在其任期内经常与控制委员会的主要成员发生冲突，因为他坚持严格的招生要求，他的批评者声称这不合理地阻碍了入学人数的增长。 1909 年，斯莱德因这些问题辞职。
===成长、吉祥物、学院的建立===
佛罗里达州立女子学院院长阿尔伯特·墨菲 (Albert Murphree) 在 1909-1910 学年之前被任命为佛罗里达州立大学第二任校长，也是在那时，学校的名称从“佛罗里达州立大学”简化为“佛罗里达大学”。墨菲里监督了大学的重组，其中包括建立了多个学院，从 1910 年开始建立了法学院、工程学院以及文理学院。墨菲里还在佛罗里达州蓝键领导力协会的成立以及将总入学人数从不足 200 人增加到超过 2000 人方面发挥了重要作用。他是唯一一位在校园内获得雕像的佛罗里达大学校长。
当当地供应商设计并出售印有鳄鱼的学校三角旗时，鳄鱼成为学校的非正式吉祥物，这种动物在盖恩斯维尔及其周围以及整个州的湖泊中很常见。 “鳄鱼”是一个很受欢迎的选择，到 1911 年，该大学的运动队正式采用了这个绰号。橙色和蓝色的学校颜色也于 1911 年正式确定，但选择的原因尚不清楚。最可能的理由是它们是该大学两个最大的前身机构颜色的组合，因为东佛罗里达神学院使用橙色和黑色，而佛罗里达农业学院使用蓝色和白色。老学校的颜色可能是向佛罗里达州中北部的早期苏格兰和阿尔斯特苏格兰长老会定居者致敬，他们的祖先最初来自北爱尔兰和苏格兰低地。
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