年代初，威斯康星大学麦迪逊分校因一系列学生抗议活动以及当局使用武力回应而感到震惊，这在电影《家庭战争》中得到了全面记录。第一次大规模示威活动抗议陶氏化学公司招聘人员出现在校园内，该公司供应越南战争中使用的凝固汽油弹。当局使用武力平息骚乱。这场斗争被记录在《他们走进阳光》一书中，以及公共广播公司的纪录片《十月的两天》中。在抗议活动中受伤的学生包括麦迪逊市前市长保罗·索格林。
抗议的另一个目标是位于斯特林霍尔的陆军数学研究中心（AMRC），该中心也是物理系的所在地。学生报纸《红衣主教日报》发表了一系列调查文章，指出 AMRC 正在直接根据美国国防部的要求进行研究，并支持在越南的军事行动。 AMRC 成为示威活动的磁石，抗议者高呼“美国撤出越南！粉碎陆军数学！” 1970 年 8 月 24 日凌晨 3 点 40 分左右，一枚炸弹在斯特林大厅附近爆炸，旨在摧毁陆军数学研究中心。尽管已经很晚了，博士后物理学研究员罗伯特·法斯纳赫特仍在实验室里，但在爆炸中丧生。物理系遭到严重破坏，而预定目标AMRC却几乎没有受到影响。卡尔顿·阿姆斯特朗、德怀特·阿姆斯特朗和大卫·法恩被发现对爆炸负责。利奥·伯特被确定为嫌疑人，但从未被逮捕或审判。
1998年，威斯康辛大学麦迪逊分校的James Thomson首次分离并培养了人类胚胎干细胞。
==校园==
大学主校区部分位于门多塔湖和莫诺纳湖之间的麦迪逊地峡。主校区占地 933 英亩（378 公顷），整个校区（包括全州的研究站）面积超过 10,600 英亩（4,290 公顷）。校园内有四个国家历史地标。中心校园的城市布局大部分与麦迪逊市的街道网格一致，但威斯康星大学郊区医院和诊所以及西区研究园的精神病学和诊所除外。位于威斯康星州议会大厦以西约 1 英里（1.6 公里）处，由州街相连。威斯康星大学麦迪逊分校植物园位于麦迪逊市西侧，是本土生态系统示范区。
威斯康星大学麦迪逊分校校园内有许多由建筑师 J. T. W. Jennings 和 Arthur Peabody 设计或监督的建筑。校园生活的中心是纪念联盟。它还拥有艾伦百年纪念花园和威斯康星大学麦迪逊分校湖岸自然保护区。威斯康星大学麦迪逊分校的校园被 Travel + Leisure 和 Condé Nast Traveler 评为美国最美丽的大学校园之一。校园的一个不寻常的特色是巴布科克霍尔乳制品厂和商店，这是一家功能齐全的乳制品厂，以其冰淇淋而闻名。
===巴斯科姆山===
作为校园的标志之一，位于巴斯科姆山山顶的巴斯科姆大厅通常被认为是“校园的心脏”。该建筑建于 …
