8 月晚些时候，已有 60 年历史的宪法号航空母舰在 1857 年开始改装和改装后，重新投入使用，作为四级见习官的学校船。她在船厂停泊，平民住在船上，立即向他们介绍船上的生活和经历。
===美国内战===
美国内战对海军学院造成了破坏。马里兰州对南方人的同情心很高。尽管爆发骚乱，马里兰州并未宣布脱离联邦。美国政府正计划搬迁学校，突然爆发的敌对行动迫使学校迅速撤离。几乎立即，三个上层阶级被遣散并被命令出海，而学院的剩余人员则于 1861 年 4 月由宪法号航空母舰运送到罗德岛州纽波特的亚当斯堡，学院在那里建立了临时设施，并于 5 月开放。与此同时，安纳波利斯校区被改建成美国陆军医院。
美国海军受到这种情况的压力——24%的军官辞职加入南部邦联海军，其中包括95名毕业生和59名见习官，以及许多影响美国海军成立的关键领导人。作为美国海军天文台首任台长，主张创建美国海军学院的马修·方丹·莫里中校也辞去了职务。
首任海军上将富兰克林·布坎南 (Franklin Buchanan) 加入联邦海军，担任首任海军上将。西德尼·史密斯·李 (Sidney Smith Lee) 上尉是第二任海军见习官指挥官，也是罗伯特·E·李 (Robert E. Lee) 的哥哥，于 1861 年离开联邦服役，加入了南部邦联海军。威廉·哈瓦尔·帕克 (William Harwar Parker) 中尉，CSN，1848 届毕业生，美国海军学院 (USNA) 教官，加入弗吉尼亚州立海军，随后成为南部邦联海军学院院长。
查尔斯·“萨维兹”·里德中尉可能是 1860 届毕业生中的“主播”（最后毕业），但他后来为南部邦联海军服役，包括保卫新奥尔良、在阿肯色州和佛罗里达州服役，并指挥了一系列被俘获的联邦军舰，最终在缅因州波特兰扣押了美国税收快艇凯莱布·库欣号。詹姆斯·伊雷德尔·瓦德尔 (James Iredell Waddell) 中尉，CSN，前美国海军学院教官，指挥 CSS Shenandoah。
1865 年夏天，战争刚结束，见习官和教员们就返回了安纳波利斯。
=== 波特学院：内战到美西战争 ===
内战英雄海军上将戴维·迪克森·波特 (David Dixon Porter) 于 1865 年成为警长。他发现安纳波利斯的基础设施一片狼藉，这是战争期间军事使用不当造成的。波特试图恢复设施。他专注于招募海军军官而不是平民，这是理念的改变。他招募了教师斯蒂芬·B·卢斯、未来的海军上将温菲尔德·斯科特·施利、乔治·杜威和威廉·T·桑普森。见习官营由四个连组成。这些床铺位于一栋木制建筑内，共有 …
