1859年，一场大火烧毁了学院大楼。校友之家是校园内仅存的少数原始战前建筑之一。其他著名的建筑包括雷恩大厦、总统府、布拉弗顿宫和乔治王子宫。
===美国内战===
美国内战（1861-1865）开始时，加入南方联盟军队的学生人数减少了。 1861 年 5 月 10 日，教员们投票决定在冲突期间关闭学院。查尔斯·A·惠蒂尔 (Charles A. Whittier) 将军报告称，“三十五名教授和讲师中，有三十二人放弃了大学工作，参军参军”。学院大楼曾被用作南方军的军营，后来又被南方军和后来的联邦军队用作医院。 1862 年 5 月 5 日半岛战役期间，附近发生了威廉斯堡战役。第二天，即 1863 年 5 月 6 日，威廉斯堡被联邦军队占领。学院的布拉弗顿大楼曾一度被用作占领该镇的联邦驻军指挥官的宿舍。 1862 年 9 月 9 日，宾夕法尼亚第五骑兵团的醉酒士兵放火焚烧学院大楼，据称是为了阻止南方联盟狙击手利用它作为掩护。
=== 19世纪末===
联邦恢复后，弗吉尼亚陷入贫困。学院第16任校长本杰明·斯托德特·尤厄尔最终用自己的资金于1869年重新开办了学校，但学院因资金不足于1882年再次关闭。 1888 年，弗吉尼亚州通过一项拨款 10,000 美元的法案，支持威廉玛丽学院成为教师培训机构，威廉玛丽学院根据修订后的章程恢复运营。美国总统、校友约翰·泰勒的儿子里昂·加德纳·泰勒在尤厄尔退休后成为该学院第十七任校长。泰勒和他的继任者 J.A.C. 钱德勒扩建了学院。
1896 年，明妮·布雷思韦特·詹金斯 (Minnie Braithwaite Jenkins) 成为第一位尝试在威廉玛丽学院上课的女性，尽管她的申请遭到拒绝。
=== 20世纪===
1906 年 3 月，弗吉尼亚州议会通过了一项法案，接管了学院场地，从那时起，学院就一直受到公众的支持。 1918年，它是弗吉尼亚州最早招收女性的大学之一。入学人数从 1889 年的 104 名学生增加到 1932 年的 1269 名学生。
布鲁顿教区教堂 (Bruton Parish Church) 的校长兼学院圣经文学和宗教教育教授 W. A. R. 古德温 (W. A. R. Goodwin) 寻找能够支持威廉斯堡重建的捐助者。古德温认为威廉斯堡是美国“最初的训练和试验场”。 1926 年，古德温说服小约翰·D·洛克菲勒 (John D. Rockefeller …
