预备军官训练相关争议 ===
从越南战争仍在进行的1969年起，哥伦比亚大学不再允许美军于校内开办预备军官训练营，但并不禁止学生参加开办于其他大学的这一项目。2008年美国总统选举期间，在哥伦比亚大学举行的一场交流会中，约翰·麦凯恩与巴拉克·奥巴马均提出了希望学校考虑重启预官项目的建议。然而会后, 校长李·卡罗尔·布林格表示因为军队中存在的反同性恋政策，他并不支持在哥伦比亚大学重启预官项目。针对是否支持预官项目重返校园的问题，学校的本科生群体于2008年11月举行了公决活动，但在参与公决的学生中，支持与反对的人数几乎相同，预官项目的支持方在这场没有约束力且没有研究生，教职员及校友参加的公决中仅仅以几个百分点的差距落败。2010年4月，在美军参谋长联席会议主席迈克尔·马伦海军上将（Mike Mullon）的演讲中，校长李·卡罗尔·布林格表示如果马伦取消美军中关于同性恋群体的“不问，不说”（Don’t ask, don’t tell）政策的计划得以成功，预官项目将可以重新回到学校。2011年2月，在三场讨论预官禁令的公民大会（Town-hall meeting）的其中一场中，因伊拉克服役期间负伤而获得紫心勋章（purple heart）的前美国陆军上士安东尼·马斯切克（Anthony Maschek）因为在演说中宣传允许预官项目重回校园的想法收到了场下部分学生的反对以及嘘声。2011年4月，校理事会（Columbia University Senate）投票通过了重新接纳预官项目的决定。美国海军部部长雷·马布斯与哥伦比亚大学校长李·卡罗尔·布林格签署了于2011年5月26日正式恢复中断超过40年的海军预备军官训练营项目（Naval Reserve Officers Training Corps, NROTC）的协议。协议在停泊在纽约参加“海军舰队周”（Navy's annual Fleet Week）的硫磺岛号（USS Iwo Jima）两栖攻击舰上签署。
== 反犹太风气争议 ==
哥伦比亚大学素有为人诟病之反犹太风气。其于二十世纪初，曾大举限制犹太学童之取录，直到二战犹太人大屠杀结束方有改善。然而，此问题于二十一世纪初因以巴冲突激化而死灰复燃。
于2018至2019学年，其校内均有针对犹太人之袭击，令部分人于2019年12月向美国教育部投诉。自2023年十月七大屠杀发生，其校内之反犹太主义更一发不可收拾。无数报道揭发其校内之亲巴勒斯坦师生鼓吹屠杀，大肆宣扬「犹太人操控政府」、「犹太人是贪婪白人资本家」等阴谋论，更令他们连番遇袭，每日回校提心吊胆，惟校方未严肃应对。
美国国会参议院遂于2023年12月办听证会，传召诸位常春藤大学校长问责，而美国众议院于12月13日以303-126票通过决议，谴责包括哥伦比亚大学在内之校园反犹太暴力，再于2024年5月1日以320-91票通过决议，采纳国际大屠杀纪念联盟（IHRA）对反犹太主义之定义，要求哥伦比亚大学跟从。
2024年5月，哥伦比亚大学三名高层处理犹太师生投诉期间，因嘲讽他们「为筹款而投诉」，招惹使用「反犹太比喻」（antisemitic …
