=== 19世纪 ===
1836年美以美会(卫理公会）在乔治亚州牛津镇创办埃默里学院。学院的名称纪念已故的主教约翰·埃默里。伊格内修斯·少是它的首任校长。1854年今天埃默里大学医学院的前身亚特兰特医学院成立。1861年4月12日南北战争爆发，同年11月埃默里学院关闭，所有学生被征入南方军队。1863年后半年战火到达乔治亚，学院被用作医院，后来成为联邦军的一个总部。学院培养了许多参战军官，其中包括几乎参加所有东部战场大战役的乔治·安德森将军。35名学院学生在战争里丧生，校园的大部分被战火摧毁。
在美国重建时期里埃默里学院和整个美国东南部一样蒙受经济危境。1880年埃默里学院校长阿提克斯·格林·海伍德在一次演讲里表示赞同废除美国奴隶制度。这次演讲引起了一名纽约银行家的注意。他给埃默里学院捐献了5000美元抵债，50000美元重建校园，75000美元设立一个新的基金。1880年代里在埃默里学院教授数学的埃萨克·霍普金斯教授创办了学院的技术系。1888年霍普金斯成为佐治亚理工学院的首任校长。1893年埃默里大学的首位国际学生尹致昊毕业。尹致昊后来成为一名重要的朝鲜政治人物，大韩民国的国歌《爱国歌》的歌词就是他写的。
=== 20世纪 ===
1906年8月16日威斯里纪念医院和护理训练学校成立，后来它被改名为内尔霍奇森伍德拉夫护理学院。1914年康德勒神学院成立。1915年埃默里学院接受可口可乐公司创办人阿萨·G·坎德勒赠予的一块地，迁往亚特兰大都市地区，并重新以埃默里大学成立。1916年埃默里大学法学院成立。从1920年代到1970年代埃默里大学逐渐获得了一个提供良好的医学、法学、商务和自由艺术教育的地方教育机构。
=== 第一和第二次世界大战 ===
1917年4月6日美国加入第一次世界大战。埃默里大学组织了一支由医学系和医学毕业生组成的医务队。这支部队被称为埃默里队，43号基地医院。从1918年7月到1919年1月这支医务队在法国卢瓦尔-谢尔省。在第二次世界大战里埃默里队，43号基地医院重新组成并参加北非战场和在欧洲服务。为表彰埃默里大学在战争里做出的贡献一条在第二次世界大战和朝鲜战争里服役的战舰被授名为埃默里胜利号。
在1940年代里埃默里大学的学生、毕业生和教师在第二次世界大战里在太平洋战场和欧洲战场上服役。鲍比·琼斯参加诺曼底战役。埃默里大学医学院外科教授阿尔弗雷德·温斯坦在1942年和1945年间是大日本帝国的战俘。他的自传《铁丝网外科医生》极其生动地描述了盟军战俘在日本的生活和战争罪犯渡边睦裕的恶行。1940年在康德勒神学院毕业的谷本清依靠他在美国上学时建立的联系组织广岛少女重建当地的外科医疗。约翰·赫西在他的《广岛》里描述了他。埃默里大学参加美国海军和美国陆军组织的专门在大学生里征兵和训练军官的项目。康德勒神学院培训随军牧师。在战争期间为每个平民新生大学征募两个军事学生。埃默里大学的毕业生还参加了朝鲜战争、越南战争、海湾战争、南斯拉夫内战和反恐战争。
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