1854年，埃默里大学医学院的前身亚特兰大医学院成立。 1861年4月12日，美国南北战争爆发。埃默里学院于 1861 年 11 月关闭，所有学生都加入了南部邦联一方。 1863 年末，战争蔓延到佐治亚州，学院被用作医院，后来又成为联邦军队的总部。该大学培养了许多在战争中服役的军官，其中包括参加了东部战区几乎所有重大战役的乔治·托马斯·安德森将军（1846C）。战争期间，三十五名埃默里大学学生丧生，校园大部分被毁。
1880年，埃默里大学校长阿提克斯·格林·海古德发表演讲，对美国奴隶制的终结表示感谢，引起了纽约银行家乔治·塞尼的注意。塞尼向埃默里学院提供了 5,000 美元用于偿还债务，50,000 美元用于建设，75,000 美元用于建立新的捐赠基金。 1880 年代，埃默里学院博学教授艾萨克·斯蒂尔斯·霍普金斯 (Isaac Stiles Hopkins) 创立了技术系。霍普金斯于 1888 年成为佐治亚理工学院首任校长。埃默里大学第一位国际学生尹志浩 (Yun Chi-ho) 于 1893 年毕业。尹志浩 (Yun Chi-ho) 成为韩国重要的政治活动家。
===二十世纪===
1906 年 8 月 16 日，韦斯利纪念医院和护士培训学校成立，后更名为内尔·霍奇森·伍德拉夫护理学校。 1914年，坎德勒神学院成立。 1915年，埃默里学院迁至德鲁伊山，并在接受可口可乐公司创始人阿萨·格里格斯·坎德勒（Asa Griggs Candler）、委托主席沃伦·阿金·坎德勒（Warren Akin Candler）的兄弟的土地赠款后，迁至德鲁伊山，并重新命名为埃默里大学。基于坎德勒、伍德拉夫和戈伊苏埃塔家族的巨额捐赠，埃默里大学俗称“可口可乐大学”。埃默里大学法学院成立于 1916 年。
====第一次和第二次世界大战====
1917年，美国加入第一次世界大战，埃默里大学响应组织了一支由医学院教员和校友组成的医疗单位。该科室后来被称为埃默里科室，第 43 号基地医院，于 1918 年 7 月至 1919 年 1 月在法国卢瓦尔-谢尔省服役。第二次世界大战期间，埃默里科科室再次动员，在北非战役和欧洲服役。埃默里大学对战争的贡献得到了认可，将这艘船命名为“M.S.”埃默里胜利大学在第二次世界大战和朝鲜战争期间服役。
20 世纪 40 年代，埃默里大学的学生、校友和教员曾在亚太战争和第二次世界大战的欧洲战区服役。詹姆斯·L·斯塔恩斯中尉毕业于埃默里大学法学院，曾任密苏里号战列舰的领航员，并在日本投降书签署期间担任甲板军官。高尔夫球手鲍比·琼斯 …
