1855年，第一部学生舞台剧《亨利四世》由圣约翰戏剧协会上演。神学院于 1859 年关闭。
内战对于学院来说是一个重要的时期。其校友中有四名将军、六名上校（包括肖）和五名在联邦军队服役的上尉；来自福特汉姆的十二名男子也曾在南方联盟军队服役。来自圣约翰学院的三名耶稣会士担任军队牧师。林肯的遇刺深深影响了学生群体，甚至就读该学院的南方学生也对他的去世表示哀悼。
福特汉姆棒球队于 1859 年 9 月 13 日进行了第一场比赛，为 19 世纪棒球历史做出了多项贡献，并在将这项运动引入古巴和拉丁美洲方面发挥了关键作用。 1859 年 11 月 3 日，福特汉姆大学与曼哈顿现已不复存在的圣弗朗西斯泽维尔学院进行了第一场现代九人球队的大学棒球比赛。福特汉姆以 33-11 赢得了比赛。史蒂夫·贝兰 (Steve Bellán) 是第一位参加美国职业棒球大联盟的古巴人和拉丁美洲人，他于 1863 年至 1868 年在福特汉姆大学读书时学习了这项运动。在为几支美国职业棒球大联盟球队效力后，他回到家乡，并于 1874 年 12 月 27 日参加了古巴第一场有组织的棒球比赛。查尔斯、亨利和弗雷德里克·扎尔多是来自哈瓦那的兄弟，他们创立了阿尔门达雷斯棒球俱乐部，这是古巴最初的三大棒球俱乐部之一 1875 年至 1878 年，他在福特汉姆大学读书期间也学习了这项运动。
国会法案在大学层面设立了军事科学和战术教学。由于这一行为，圣约翰学院将一支学员军团带到了校园。从 1885 年到 1890 年，美国第七骑兵团的老兵赫伯特·C·斯奎尔斯中尉建立了一个拥有 200 人的学员营，这为福特汉姆的现代后备军官训练队奠定了基础。学院于 1886 年建造了一座科学大楼，为课程中的科学提供了更多的合法性。此外，还设立了三年制理学学士学位。 1897年，首次采用学生毕业典礼时的学术标志。
=== 1901–1950：成熟 ===
1904年6月21日，纽约州大学董事会同意董事会授权开设法学院和医学院。圣约翰学院于1907年3月7日正式更名为福特汉姆大学。福特汉姆这个名字指的是福特汉姆村，原玫瑰山校区就位于该村。反过来，该村庄因其位置靠近布朗克斯河的浅水河口（“小村庄的福特”）而得名。当福特汉姆和其他几个韦斯特切斯特县城镇在二十世纪之交并入布朗克斯县时，该村庄成为该行政区的福特汉姆社区。它至今仍然存在，位于玫瑰山校区的西边。
1908年，福特汉姆大学出版社成立。 …
