1839年，时年42岁的休斯以29,750美元的价格购买了纽约福特汉姆村占地106英亩的玫瑰山庄园农场。他的目的是效仿他是圣玛丽山大学的校友，建立圣约瑟夫神学院。 “玫瑰山”最初是该地点的所有者、纽约富商罗伯特·沃茨 (Robert Watts) 于 1787 年为该地点取的名称，以纪念其家族在苏格兰的祖籍。
1840 年，圣约瑟夫神学院在玫瑰山成立。该神学院与圣约翰学院配对，圣约翰学院于 1841 年 6 月 24 日施洗者圣约翰节在玫瑰山成立，学生人数为 6 人。约翰·麦克洛斯基（后来的纽约大主教，最终成为第一位美国红衣主教）是该校的第一任校长，教职人员都是世俗牧师和世俗教员。 学院院长职位五年内经历了四位教区神父的更替，其中包括詹姆斯·罗斯福·贝利（James Roosevelt Bayley），他是西奥多·罗斯福和富兰克林·D·罗斯福的远房表弟，也是圣伊丽莎白·安·西顿的侄子。 1845年，神学院教堂“慈悲圣母”建成。同年，休斯说服肯塔基州圣玛丽学院的几位耶稣会牧师到圣约翰学院任职。
该学院于 1846 年获得纽约州立法机关颁发的特许状，大约三个月后，第一批耶稣会士开始抵达。同年，休斯以 40,000 美元的价格将圣约翰学院出售给耶稣会士。休斯将学院转让给他人，但保留了神学院财产的所有权，该财产总计约九英亩。 1847 年，福特汉姆第一所学校在曼哈顿开业。该校于 1861 年成为独立特许的圣弗朗西斯泽维尔学院。也是在 1847 年，美国诗人埃德加·爱伦·坡 (Edgar Allan Poe) 抵达福特汉姆村，并与学院的耶稣会士建立了终生的友谊。 1849年，他出版了著名作品《钟声》。一些传统认为学院教堂的钟声是这首诗的灵感来源。坡也在学院的图书馆度过了相当长的时间，甚至偶尔过夜。
圣约翰学院的课程包括初级部（后来成为福特汉姆预科），要求学习四年拉丁语、希腊语、语法、文学、历史、地理、数学和宗教；以及高级部门（即学院），要求学习三年“诗歌”（人文学科）、修辞学和哲学。美国内战马萨诸塞州第 54 志愿步兵团的著名指挥官罗伯特·古尔德·肖 (Robert Gould Shaw) 上校参加了初级师的学习。完成这两门课程即可获得 Artium Baccalaureus 学位，再学习一年的哲学将获得 Artium Magister 学位。还有类似于现代商学院的“商业”课程，作为古典课程的替代课程，并获得证书而不是学位。 …
