19世纪 ===
1805年，哈佛由一位论派者，亨利·威尔接手管理，这也使美国的教育机构开始世俗化，而哈佛在1850年代开始被指是“一位论派的梵蒂冈”。他们与联邦党结盟，并开办很多机构，以扩大其政治及文化势力。与此同时，一些神学的保守派人士则利用大众传媒，抨击对方企图凝聚寡头政治文化及破坏美利坚合众国宪法的政治原则。
1846年瑞士科学家路易斯（Louis Agassiz）到访哈佛及纽约市，受到当地学生们的赞赏。他提倡「超越物质自然，理解智慧存在」，并认为物体的架构及转变均建基于其原型。这与哈佛当时的两名参与课程编制的老师—托马斯·里德及杜格尔德·斯图尔特的看法一致，故使其思想得以扩大并得到更多当地人的支持。
1869年到1909年，查尔斯·艾略特在任校长期间，将课程中固有的基督教文化成分删去，让学生能自愿及选择性地去学习相关的宗教文化。他也将哈佛各个书院以及学术机构综合成一所研究型大学，改革措施包括小班授课以及入学考试，这些模式也影响美国国家的高等和基础教育政策。
=== 20世纪 ===
20世纪的哈佛的地位及声誉，随著获得的捐助金及教授的人数上升而迅速提升，申请入学的学生人数也因课程数目的增大及校园的扩建而上升，其在1900年成为美国大学协会其中一个原始成员。于1879年成立的拉德克利夫学院与哈佛结盟为姊妹学校，亦成为美国当时最著名的女子学校；后来两者合并，拉德克利夫成为哈佛大学的一部分。
1933年上任的校长詹姆斯·布莱恩特·科南特重新建立创意奖学金制度，以鼓励及吸纳人才，确保学校在研究机构中的领导地位。他认为高等教育是给真正有才华的人而不是富家子弟。他进行课程制度的调节，全力支持有才华的年轻人。他更在1943年要求教职员对「什么才是中等及高等教育的目的」提出明确的看法，1945年列出的报告是20世纪美国最具影响力的教育宣言。
1945—1960年，哈佛改变收生政策，开始接受来自不同背景的学生，而不只是一些来自贵族学校的子弟。学生的种类也开始多元化，校园里多了犹太人及天主教徒，惟黑人及亚洲人仍只占极少数。
女性在哈佛的地位也于20世纪末不断上升。初期，女性学生仍集中在拉德克利夫学院。虽然多了女学生情愿报读哈佛本身的课程，但哈佛的学生仍以男性居多，五个学生里平均只有一个为女性。可是，随著与拉德克利夫学院在1977年合并，哈佛的女学生人数每年不断上升。这也反映了美国高等教育的趋势。
1999年，拉德克利夫学院正式成为哈佛大学的拉德克利夫高等研究学院。时任院长的德鲁·吉尔平·福斯特也后在2007年正式成为哈佛创校300多年以来第一位女性校长，亦是继宾夕法尼亚大学、布朗大学与普林斯顿大学后，常春籐盟校的第四位女性校长。
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