(Joseph Willard) 于次年去世，随后爆发了一场争夺继任者的斗争。 1805 年，亨利·韦尔当选接替塔潘担任霍利斯主席。两年后，即 1807 年，自由派塞缪尔·韦伯 (Samuel Webber) 被任命为哈佛大学第 13 任校长，代表着哈佛从传统思想转向更加自由主义和阿民念主义的思想。
1816年，哈佛大学在法语和西班牙语研究方面启动了新的语言课程，并任命乔治·蒂克纳（George Ticknor）为该大学第一位教授这些语言课程。
从 1869 年到 1909 年，哈佛大学第 21 任校长查尔斯·威廉·艾略特（Charles William Eliot）降低了基督教在课程中历来受到青睐的地位，将其开放给学生自我指导。尽管艾略特是美国高等教育世俗化的一位有影响力的人物，但他的动机主要是受威廉·埃勒里·钱宁、拉尔夫·沃尔多·爱默生等人影响的超验主义和一神论信念，而不是世俗主义。 19世纪末，哈佛大学的研究生院开始招收少量女性。
=== 20世纪===
1900年，哈佛大学成为美国大学协会的创始成员之一。社会学家兼作家杰罗姆·卡拉贝尔 (Jerome Karabel) 表示，在 20 世纪的最初几十年里，哈佛的学生群体主要是“老派、地位高的新教徒，尤其是圣公会教徒、公理会教徒和长老会教徒”。
20 世纪，随着哈佛大学捐赠基金的蓬勃发展以及杰出知识分子和教授的加入，哈佛大学作为世界上最负盛名的大学之一的声誉显着提高。该大学的入学人数也出现了大幅增长，这是新设立的研究生学术项目和本科生学院扩建的结果。拉德克利夫学院成为哈佛大学的女性学院，成为美国最著名的女子学校之一。
1923 年，也就是哈佛犹太学生比例达到 20% 的一年后，哈佛大学第 22 任校长 A. 劳伦斯·洛厄尔 (A. Lawrence Lowell) 提议将犹太学生的入学人数限制在本科生人数的 15% 以内，但没有成功。洛厄尔还拒绝强制在大学新生宿舍废除种族隔离，他写道：“我们应该为有色人种提供与白人同等的教育机会，但我们不应该强迫他和白人建立不和谐或可能不和谐的社会关系。”
1933 年至 1953 年间，哈佛大学由第 23 任校长詹姆斯·B·科南特 (James B. Conant) 领导，他重振了哈佛大学的创造性学术研究，努力保证哈佛大学在美国和世界新兴研究机构中的领先地位。科南特将高等教育视为人才的机会工具，而不是富人的权利，并制定了识别、招募和支持有才华的年轻人的计划。 …
