780 英镑和他拥有约 320 本书的图书馆；次年，更名为哈佛大学。
1643年，哈佛大学的一份出版物定义了该学院的宗旨：“促进学问并将其传承给子孙后代，当我们现在的传道人都灰飞烟灭时，我们害怕给教会留下一个文盲的事工。”
早年，该学院培养了许多清教徒公理会牧师，并提供以剑桥大学为代表的英国大学模式的经典课程，许多马萨诸塞州殖民地领导人在移居殖民地之前曾在剑桥大学学习过。哈佛大学从未正式隶属于任何特定的新教教派，但其课程符合清教主义的原则。 1650 年，学院的管理机构——哈佛公司的章程获得批准。
1681年至1701年，清教徒牧师英克里斯·马瑟（Increase Mather）担任哈佛大学第六任校长。 1708年，约翰·莱弗里特成为哈佛大学第七任校长，也是第一位不是牧师的校长。美国独立战争期间，哈佛大学的师生在很大程度上支持爱国者事业。
已知最早的哈佛大学官方印章，通常被称为 1650 年印章或 In Christi Gloriam 印章，其特点是一个方形盾牌，上面有三本打开的书，围绕中央 V 形排列。这一设计象征着在神圣指导下追求学习。印章上醒目地印有座右铭 IN CHRISTI GLORIAM（“为了基督的荣耀”），周围环绕着拉丁文铭文 SIGILL COL HARVARD CANTAB NOV ANGL 1650，意思是“新英格兰剑桥哈佛学院印章，1650 年”。这个印章反映了该机构最初的宗教使命。
1885 年，哈佛公司基于乔赛亚·昆西总统于 1843 年创建的早期版本，采用了名为阿普尔顿印章的修订设计。该印章由威廉·萨姆纳·阿普尔顿（哈佛 AB 1860）设计，其特点是一个三角形盾牌，上面印有三本打开的书，上面写着 VERITAS（“真理”）座右铭。盾牌周围刻有座右铭 CHRISTO ET ECCLESIÆ（“为基督与教会”），外缘刻有铭文 SIGILLVM ACADEMIÆ HARVARDINÆ IN NOV. ANG。 （“新英格兰哈佛学院印章”）。这个版本的印章试图将大学的学术追求与其教会根源相协调。
=== 19 世纪 ===
十九世纪，哈佛受到启蒙时代思想的影响，包括理性和自由意志，这些思想在公理会牧师中广泛传播，使这些牧师及其会众与更传统的加尔文主义牧师和神职人员产生分歧。 1803 年，霍利斯神学教授大卫·塔潘 (David Tappan) 去世，哈佛大学第十一任校长约瑟夫·威拉德 …
