年，时任校长阿尔伯特·J·迪乌利奥 (Albert J. DiUlio) 做出了一项颇具争议的决定，停止使用该大学运动队的“勇士”绰号，理由是学校面临越来越大的压力，要求停止使用美洲原住民吉祥物。尽管管理部门和马凯特社区最终决定使用“金鹰”这个绰号，但校友、捐助者和学生的强烈反对随之而来。 2005年，吉祥物争议再次爆发，当时大学领导层曾短暂将昵称改为“金鹰”，一周后又恢复为“金鹰”。
20 世纪 90 年代，该大学在马凯特周边社区投入巨资，实施了价值 5000 万美元的校园圈项目。它还在华盛顿特区开设了一个名为“莱斯阿斯平政府中心”的研究中心，以前国防部长的名字命名。 MBA 课程和专业研究学院（设有成人教育课程）也于 20 世纪 90 年代中期成立。 1996 年，罗伯特·A·怀尔德 (Robert A. Wild) 就任该大学第 22 任校长，此后不久就开始了一项筹款活动，最终完成了校园美化工作和几座主要建筑的建设，其中包括牙科学院的新场地。该大学的发展还体现在总体入学人数的增加以及新生入学考试成绩达到迄今为止的最高水平。
2000 年代初，马凯特继续发展，修建了新的宿舍楼、图书馆、牙科学院大楼和体育设施。 2003年，男子篮球队进入四强，提高了大学在全国的知名度。随后几年的筹款活动帮助该大学完成了有史以来规模最大的募资活动“Magis Campaign”，到 2006 年筹集了超过 3.57 亿美元。
对马凯特大学最大的两笔捐款发生在同一学年。第二大礼物是一对匿名夫妇捐赠的，他们多年来已向该大学捐赠了超过 5000 万美元。 2006年12月18日，怀尔德总统宣布夫妇俩向工程学院捐赠2500万美元。 不到五个月后，即 2007 年 5 月 4 日，马凯特大学宣布雷蒙德·埃克斯坦 (Raymond Eckstein) 和凯瑟琳·埃克斯坦 (Kathryn Eckstein) 捐赠 5100 万美元，该捐赠将直接惠及马凯特大学法学院。这份礼物是威斯康星州大学有史以来收到的金额最大的一笔礼物。
2013 年秋季学期，前马凯特校长罗伯特·怀尔德 (Robert A. Wild) 在其继任者、马凯特第 22 任校长斯科特·皮拉兹 (Scott Pilarz) 辞职后返回马凯特大学担任临时校长。威斯康星大学密尔沃基分校前校长迈克尔·洛弗尔 (Michael Lovell) 于 2014 年 7 月 1 日在怀尔德临时任期结束后接任校长。洛弗尔是第一位担任马凯特大学校长的非专业人士，因为该大学历任校长都是天主教神职人员。
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